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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3av8 | ||||||
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タイトル | Refined Structure of Plant-type [2Fe-2S] Ferredoxin I from Aphanothece sacrum at 1.46 A Resolution | ||||||
![]() | Ferredoxin-1 | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / Beta-grasp / Redox Protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kameda, H. / Hirabayashi, K. / Wada, K. / Fukuyama, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mapping of protein-protein interaction sites in the plant-type [2Fe-2S] ferredoxin. 著者: Kameda, H. / Hirabayashi, K. / Wada, K. / Fukuyama, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 473.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fxiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10399.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FES / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 7.5 詳細: 70-80% ammonium sulfate, 0.1M TRIS, 0.7M sodium chloride, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: A Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→25 Å / Num. obs: 66810 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rsym value: 0.05 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.51 Å / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.383 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FXI 解像度: 1.46→24.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 269412.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.1651 Å2 / ksol: 0.405467 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→24.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.46→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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