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万見
- PDB-3av8: Refined Structure of Plant-type [2Fe-2S] Ferredoxin I from Aphano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3av8
タイトルRefined Structure of Plant-type [2Fe-2S] Ferredoxin I from Aphanothece sacrum at 1.46 A Resolution
要素Ferredoxin-1
キーワードELECTRON TRANSPORT / Beta-grasp / Redox Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Beta-grasp domain / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Beta-grasp domain / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Aphanothece sacrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Kameda, H. / Hirabayashi, K. / Wada, K. / Fukuyama, K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Mapping of protein-protein interaction sites in the plant-type [2Fe-2S] ferredoxin.
著者: Kameda, H. / Hirabayashi, K. / Wada, K. / Fukuyama, K.
履歴
登録2011年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-1
B: Ferredoxin-1
C: Ferredoxin-1
D: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,49310
ポリマ－41,5984
非ポリマー8956
水8,737485
1
A: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5752
ポリマ－10,3991
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6713
ポリマ－10,3991
非ポリマー2722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6713
ポリマ－10,3991
非ポリマー2722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5752
ポリマ－10,3991
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.027, 92.027, 46.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Ferredoxin-1 / Ferredoxin I


分子量: 10399.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aphanothece sacrum (バクテリア) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41DE3 / 参照: UniProt: P00250*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 7.5
詳細: 70-80% ammonium sulfate, 0.1M TRIS, 0.7M sodium chloride, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日
放射モノクロメーター: A Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→25 Å / Num. obs: 66810 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rsym value: 0.05
反射 シェル解像度: 1.46→1.51 Å / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.383 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
BSSデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FXI

1fxi


解像度: 1.46→24.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 269412.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 3215 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.196 63524 --
obs0.187 63524 93.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.1651 Å2 / ksol: 0.405467 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.52 Å20 Å20 Å2
2---5.52 Å20 Å2
3---11.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→24.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2904 0 26 485 3415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.782.5
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 466 4.8 %
Rwork0.281 9180 -
obs--86.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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