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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3auu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus megaterium glucose dehydrogenase 4 in complex with D-glucose | ||||||
![]() | Glucose 1-dehydrogenase 4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / NAD / Oxidation-reduction process / cytosol | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / glucose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nishioka, T. / Yasutake, Y. / Nishiya, Y. / Tamura, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-guided mutagenesis for the improvement of substrate specificity of Bacillus megaterium glucose 1-dehydrogenase IV 著者: Nishioka, T. / Yasutake, Y. / Nishiya, Y. / Tamura, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29199.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: IAM 1030 / 遺伝子: gdhIV / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M magnesium chloride, 51% PEG 200, 400mM D-glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 33134 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 3318 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.163 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→28.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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