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- PDB-3au1: Crystal structure of mouse CD1d in complex with ganglioside GD3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3au1
タイトルCrystal structure of mouse CD1d in complex with ganglioside GD3
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / antigen presenting molecule / T-cell receptor / cell surface protein with a single transmembrane domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive thymic T cell selection ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / late endosome / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / lysosome / early endosome / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / Chem-ERA / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Roisman, L.C. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2011
タイトル: A molecular basis for NKT cell recognition of CD1d-self-antigen
著者: Mallevaey, T. / Clarke, A.J. / Scott-Browne, J.P. / Young, M.H. / Roisman, L.C. / Pellicci, D.G. / Patel, O. / Vivian, J.P. / Matsuda, J.L. / McCluskey, J. / Godfrey, D.I. / Marrack, P. / Rossjohn, J. / Gapin, L.
履歴
登録2011年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4847
ポリマ－46,3222
非ポリマー3,1615
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint25 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.656, 98.447, 55.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 / CD1d


分子量: 34662.012 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01887

-
糖 , 4種, 4分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DGlcpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpb1-6]DGlcpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4-5/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 78分子

#7: 化合物 ChemComp-ERA / (7Z,15E,17E)-N-[(2S,3S,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tricosa-7,15,17-trienamide


分子量: 630.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H75NO3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ERA-BGC-GAL IS A PART OF GD3-GANGLIOSIDE.
配列の詳細THE SEQUENCE OF CHAIN A IS FROM REFERENC 2 AND 3 IN UNP P11609, CHAIN B IS NATURAL VARIAN (SEE UNP P01887).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 22% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月19日
放射モノクロメーター: synchrotron radiation / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 14675 / Num. obs: 14675 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 2GAZ

2gaz


解像度: 2.5→49.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 22.833 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.833 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23815 738 5 %RANDOM
Rwork0.19446 ---
obs0.19663 13931 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å20.06 Å2
2--0.62 Å2-0 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2911 0 209 77 3197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213225
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5762.0034401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.625362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4624.265136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.7515479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7751512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3451.51828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.68222954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.11231397
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8054.51447
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 52 -
Rwork0.289 896 -
obs--87.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.36272.3927-0.03033.2951-0.33063.7745-0.0217-0.45890.67970.13350.10060.2708-0.3993-0.447-0.07890.27330.0965-0.02710.3607-0.05060.21332.065-10.14835.604
212.62975.3062-5.39525.2299-3.71816.83870.0705-0.73430.16430.1675-0.2697-0.2325-0.31370.23790.19910.4650.0824-0.08640.2444-0.11260.290614.095-1.19439.482
35.03121.07370.36553.0221-0.77146.53570.0815-0.2794-0.4050.1367-0.0226-0.15270.12760.0202-0.05890.22880.0471-0.02140.1337-0.01940.20919.548-13.64936.869
44.19181.83516.87771.7383.834412.51450.1947-0.5183-0.3611-0.0183-0.01060.03650.0673-0.0887-0.18410.3823-0.03430.00030.30980.09950.3451-5.379-25.68631.077
55.18220.50864.0814.83393.40339.1690.06610.3235-0.7643-0.63350.1363-0.5166-0.07480.4937-0.20240.4111-0.0510.00580.05510.00180.3989-5.621-31.98914.365
67.67097.04493.13387.28991.74232.85360.03650.1277-1.6476-0.41140.5724-1.55150.69840.4263-0.60890.60980.10780.0440.3443-0.16620.8708-1.37-39.1189.522
74.96683.45061.92629.26581.91043.9189-0.01420.203-0.9012-1.01720.2253-0.14090.3277-0.1489-0.21110.42830.0415-0.03870.1016-0.01510.4264-8.161-33.33213.442
816.52987.8422-1.74657.5333-0.11943.5447-0.58390.6604-0.5089-0.62820.3588-0.2276-0.23290.32360.22510.33890.0452-0.01910.06740.00450.0753-1.948-16.612.606
918.23733.98475.36812.93421.77194.2169-0.43590.1467-0.4726-0.28940.27280.0413-0.2227-0.11480.16310.33960.0065-0.00070.0920.02220.0932-4.751-14.32614.528
108.94450.13187.4850.6479-0.63827.1311-0.45380.05760.7836-0.28830.04040.176-0.731-0.1950.41340.48180.0583-0.05460.20720.00890.2859-2.115-7.31516.716
1112.1970.70225.24260.89680.117.7853-0.2356-0.012-0.1055-0.16680.26930.4393-0.2924-0.6665-0.03370.36330.0182-0.02470.02610.02890.26-9.04-12.56812.672
1217.51843.03986.94941.52190.66626.8867-0.24811.36880.7514-0.16510.1317-0.1949-0.62220.580.11630.5207-0.0533-0.06190.18350.09490.27522.402-5.6137.833
1313.72882.8935-5.6697.6811-2.492612.6347-0.1947-0.0323-1.183-0.9535-0.42430.02271.238-0.2240.6190.41470.024-0.12340.3802-0.02480.1919-7.211-17.4085.014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2A62 - 93
3X-RAY DIFFRACTION3A94 - 165
4X-RAY DIFFRACTION4A166 - 197
5X-RAY DIFFRACTION5A204 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6A223 - 236
7X-RAY DIFFRACTION7A237 - 279
8X-RAY DIFFRACTION8B2 - 15
9X-RAY DIFFRACTION9B16 - 33
10X-RAY DIFFRACTION10B34 - 60
11X-RAY DIFFRACTION11B61 - 77
12X-RAY DIFFRACTION12B78 - 92
13X-RAY DIFFRACTION13B93 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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