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- PDB-3aqq: Crystal structure of human CRHSP-24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aqq
タイトルCrystal structure of human CRHSP-24
要素Calcium-regulated heat stable protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / compact beta-barrel / Cold shock domain / ssDNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic exosome (RNase complex) / P granule / phosphatase binding / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding / P-body / intracellular signal transduction / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...: / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-regulated heat-stable protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Hou, H. / Wang, F. / Zhang, W. / Wang, D. / Li, X. / Bartlam, M. / Yao, X. / Rao, Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRHSP-24 is a novel cargo adaptor trafficking between stress granules and processing bodies
著者: Hou, H. / Wang, F. / Zhang, W. / Wang, D. / Li, X. / Bartlam, M. / Yao, X. / Rao, Z.
履歴
登録2010年11月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-regulated heat stable protein 1
C: Calcium-regulated heat stable protein 1
B: Calcium-regulated heat stable protein 1
D: Calcium-regulated heat stable protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6564
ポリマ－63,6564
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.856, 79.856, 181.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Calcium-regulated heat stable protein 1 / Calcium-regulated heat-stable protein of 24 kDa / CRHSP-24


分子量: 15914.057 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARHSP1 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y2V2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate, 2.0M sodium formate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月31日
放射モノクロメーター: LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.798→50 Å / Num. obs: 16210 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.798→45.603 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 812 5.03 %
Rwork0.2285 --
obs0.2307 16140 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.072 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.1167 Å2-0 Å2-0 Å2
2--8.1167 Å20 Å2
3----16.2334 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.798→45.603 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3016 0 0 32 3048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2664187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0931120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006537
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7985-2.97380.36481630.27842526X-RAY DIFFRACTION99
2.9738-3.20330.32661250.24292568X-RAY DIFFRACTION100
3.2033-3.52560.29061290.24422535X-RAY DIFFRACTION100
3.5256-4.03540.25151570.21012548X-RAY DIFFRACTION100
4.0354-5.08320.24671140.19442580X-RAY DIFFRACTION100
5.0832-45.60940.23571240.23562571X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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