PDB-3aq2: Molecular insights into plant cell proliferation disturbance by A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3aq2

タイトル

Molecular insights into plant cell proliferation disturbance by Agrobacterium protein 6b

要素

6b protein

キーワード

TOXIN / miRNA machineries / ADP-ribosylation fold

機能・相同性

Cytokinin glycosidase / RolB/RolC glucosidase family / 6b protein

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium vitis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Wang, M.M. / Yuan, Y.A.

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: Molecular insights into plant cell proliferation disturbance by Agrobacterium protein 6b
著者: Wang, M.M. / Soyano, T. / Machida, S. / Yang, J.Y. / Jung, C. / Chua, N.H. / Yuan, Y.A.

履歴

登録	2010年10月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3aq2.cif.gz	164.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3aq2.ent.gz	132 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3aq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3aq2_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3aq2_full_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示
XML形式データ	3aq2_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	3aq2_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/3aq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/3aq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3aq3C 3aq4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w7n-d 2g8k-d 5w7o-d 6dn5-d 6doz-d 3ckk-d 5usg-d 6jwn-1 6doy-d 4m7r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 6b protein

B: 6b protein

47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6b protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 6b protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.366, 89.926, 59.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-297- HOH

#1: タンパク質	6b protein 分子量: 23769.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium vitis (バクテリア) プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q44522
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: ammonium dehydrate phosphate, sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→79.31 Å / Num. all: 49400 / Num. obs: 49396 / % possible obs: 99.79 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.649→1.692 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→79.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.07 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20557	2659	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1784	-	-	-
obs	0.17978	49396	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.334 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→79.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3046	0	0	342	3388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	3117
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.148	1.945	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.216	5	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.593	22.97	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.135	15	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.865	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.09	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.156	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.665	1.5	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.091	2	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.772	3	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.7	4.5	1218

LS精密化シェル

解像度: 1.649→1.692 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	194	-
R_work	0.229	3561	-
obs	-	-	98.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1187	-0.4234	0.3528	1.2793	-0.2272	0.6834	0.0062	0.0205	0.0076	0.0722	-0.0348	-0.101	0.0335	0.0535	0.0286	-0.0614	0.0019	0	-0.0693	0.0076	-0.0808	17.7852	-18.8768	-6.7796
2	1.3867	0.0998	0.0108	1.0392	0.3275	1.3372	0.0439	-0.0935	0.0125	0.0417	-0.0766	0.0298	0.0389	-0.0324	0.0327	-0.0531	-0.0082	0.0176	-0.0215	-0.0154	-0.05	30.1189	-30.0819	-31.1289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 204
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 204

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)