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- PDB-3ano: Crystal Structure of a Novel Diadenosine 5',5'''-P1,P4-Tetraphosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ano
タイトルCrystal Structure of a Novel Diadenosine 5',5'''-P1,P4-Tetraphosphate Phosphorylase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
要素AP-4-A phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Mycobacterium / diadenosine polyphosphate / phosphorylase / HIT motif
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenosine tetraphosphate catabolic process / ATP adenylyltransferase / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase activity / ATP:ADP adenylyltransferase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
FHIT family / HIT domain / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / AP-4-A phosphorylase / AP-4-A phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.894 Å
データ登録者Mori, S. / Shibayama, K. / Wachino, J. / Arakawa, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the novel diadenosine 5',5-P1,P4-tetraphosphate phosphorylase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
著者: Mori, S. / Shibayama, K. / Wachino, J. / Arakawa, Y.
履歴
登録2010年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-4-A phosphorylase
B: AP-4-A phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1597
ポリマ－49,4862
非ポリマー6735
水4,197233
1
A: AP-4-A phosphorylase
B: AP-4-A phosphorylase
ヘテロ分子

A: AP-4-A phosphorylase
B: AP-4-A phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,31914
ポリマ－98,9724
非ポリマー1,34710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area15510 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area27490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.454, 63.554, 79.123
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 AP-4-A phosphorylase / ATP adenylyltransferase / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P4-tetraphosphate phosphorylase / AP / A phosphorylase


分子量: 24742.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT2688, Rv2613c / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: O06201, UniProt: P9WMK9*PLUS, ATP adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 % / Mosaicity: 0.389 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium Cacodylate, 30% PEG 400, 0.2M LiSO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.894→50 Å / Num. obs: 37314 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.585 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.936.40.3818260.994198.3
1.93-1.976.70.35118370.992199.4
1.97-2.0170.28418690.994199.8
2.01-2.057.20.24818561.053199.9
2.05-2.097.40.2318511.066199.9
2.09-2.147.50.17918811.041199.9
2.14-2.197.60.15518291.114199.9
2.19-2.257.60.14218691.203199.9
2.25-2.327.60.12618651.25199.9
2.32-2.397.60.11118691.278199.8
2.39-2.487.60.118411.351199.9
2.48-2.587.60.09418491.4191100
2.58-2.77.60.07818911.52199.9
2.7-2.847.60.07118701.7199.9
2.84-3.027.60.06118601.933199.9
3.02-3.257.50.05318632.268199.8
3.25-3.587.50.04618852.5381100
3.58-4.097.40.03918832.5791100
4.09-5.167.30.03518952.571199.9
5.16-5070.03519252.656198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.894→39.406 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8747 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.07 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2011 1807 5.01 %RANDOM
Rwork0.1761 ---
obs0.1774 36096 96.09 %-
all-36102 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.617 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 73.74 Å2 / Biso mean: 30.1482 Å2 / Biso min: 11.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0192 Å2-0 Å25.6811 Å2
2---2.316 Å2-0 Å2
3---8.3352 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.894→39.406 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2647 0 41 233 2921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0253726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5331018
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8936-1.94480.26621150.194922122327221281
1.9448-2.00210.26311360.186424872623248791
2.0021-2.06670.18041380.177425742712257495
2.0667-2.14050.2031520.166926182770261896
2.1405-2.22620.18521330.161926322765263297
2.2262-2.32750.19061120.168926962808269697
2.3275-2.45020.21011480.17726522800265297
2.4502-2.60370.21241320.173327012833270198
2.6037-2.80470.22251480.181426642812266499
2.8047-3.08690.20061510.188727352886273599
3.0869-3.53330.20861450.177275829032758100
3.5333-4.45060.17241570.1592273628932736100
4.4506-39.41480.19561400.177828242964282499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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