[日本語] English
万見
- PDB-3ami: The crystal structure of the M16B metallopeptidase subunit from S... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ami
タイトルThe crystal structure of the M16B metallopeptidase subunit from Sphingomonas sp. A1
要素zinc peptidase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta / peptidase / zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / : / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc peptidase active subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Maruyama, Y. / Chuma, A. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Heterosubunit composition and crystal structures of a novel bacterial M16B metallopeptidase
著者: Maruyama, Y. / Chuma, A. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K.
履歴
登録2010年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: zinc peptidase
B: zinc peptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9422
ポリマ－98,9422
非ポリマー00
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area35090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.405, 139.757, 63.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHOR DEFINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN. HOWEVER, AUTHOR CONFIRMED THE MOLECULAR TO BE MONOMER IN VITRO USING GEL FILTRATION COLUMN CHROMATOGRAPHY.

-
要素

#1: タンパク質 zinc peptidase


分子量: 49470.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingomonas (バクテリア) / 株: sp. A1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta gami (DE3)
参照: UniProt: F2Z284*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED TO DDBJ, BUT IS NOT PUBLICLY AVAILABLE AT THE TIME ...THE SEQUENCE OF THE PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED TO DDBJ, BUT IS NOT PUBLICLY AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 12% PEG 4000, 0.1M litium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 32754 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 18.33
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 4.47 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→42.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 9.665 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26586 1659 5.1 %RANDOM
Rwork0.19622 ---
obs0.19982 31041 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20 Å20.65 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6556 0 0 222 6778
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9621.9529106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9665848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75923.323313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.676151123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.741565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6481.54201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23926742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82532506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1764.52361
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 112 -
Rwork0.22 2242 -
obs--98.49 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る