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- PDB-3am1: Crystal structure of O-Phosphoseryl-tRNA kinase complexed with an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3am1
タイトルCrystal structure of O-Phosphoseryl-tRNA kinase complexed with anticodon-stem/loop truncated tRNA(Sec)
要素
  • ASL-truncated tRNA
  • L-seryl-tRNA(Sec) kinase
キーワードTRANSFERASE/RNA / kinase / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


O-phosphoseryl-tRNASec kinase / L-seryl-tRNA(Sec) kinase activity / conversion of seryl-tRNAsec to selenocys-tRNAsec / tRNA wobble uridine modification / phosphorylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #40 / L-seryl-tRNA(Sec) kinase, archaea / Protein KTI12/L-seryl-tRNA(Sec) kinase / Chromatin associated protein KTI12 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #40 / L-seryl-tRNA(Sec) kinase, archaea / Protein KTI12/L-seryl-tRNA(Sec) kinase / Chromatin associated protein KTI12 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / L-seryl-tRNA(Sec) kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Araiso, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: C-terminal domain of archaeal O-phosphoseryl-tRNA kinase displays large-scale motion to bind the 7-bp D-stem of archaeal tRNA(Sec)
著者: Sherrer, R.L. / Araiso, Y. / Aldag, C. / Ishitani, R. / Ho, J.M.L. / Soll, D. / Nureki, O.
履歴
登録2010年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-seryl-tRNA(Sec) kinase
B: ASL-truncated tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7324
ポリマ－57,2012
非ポリマー5312
水1267
1
A: L-seryl-tRNA(Sec) kinase
B: ASL-truncated tRNA
ヘテロ分子

A: L-seryl-tRNA(Sec) kinase
B: ASL-truncated tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4648
ポリマ－114,4014
非ポリマー1,0634
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+y,y,-z+1/31
Buried area7100 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area48010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.749, 46.749, 459.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 L-seryl-tRNA(Sec) kinase / O-phosphoseryl-tRNA(Sec) kinase / PSTK


分子量: 31009.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: pstK, MJ1538 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q58933, O-phosphoseryl-tRNASec kinase
#2: RNA鎖 ASL-truncated tRNA


分子量: 26191.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized RNA
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 % / Mosaicity: 0.21 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100mM phosphate buffer (pH 6.2), 0.2M NaCl, 41% PEG 200, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22946 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Χ2: 1.561 / Net I/σ(I): 25.886
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.4440.3929350.778179.4
2.44-2.494.70.4189720.857185.3
2.49-2.535.70.39710700.842194.2
2.53-2.596.40.39511470.817196.8
2.59-2.647.80.40911280.846199.3
2.64-2.79.20.37811520.864199.8
2.7-2.7710.90.36811560.887199.8
2.77-2.8512.40.33811180.967199.8
2.85-2.9313.20.28912311.11199.9
2.93-3.0215.20.24811091.309199.9
3.02-3.1316.10.20911901.385199.9
3.13-3.26170.17711341.587199.9
3.26-3.4117.50.16411861.703199.9
3.41-3.58190.15211751.664199.7
3.58-3.8119.20.12211521.5581100
3.81-4.119.90.12111901.7671100
4.1-4.5220.60.11911872.056199.9
4.52-5.1720.50.13612212.552199.9
5.17-6.5120.40.11712142.064199.8
6.51-5019.30.05412791.443197.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A4N

3a4n


解像度: 2.4→34.463 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6875 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2919 1145 5.01 %Random
Rwork0.2293 ---
obs0.2324 22838 97.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.186 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 244.14 Å2 / Biso mean: 80.578 Å2 / Biso min: 29.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.7234 Å2-0 Å2-0 Å2
2--7.7234 Å20 Å2
3----15.4468 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→34.463 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1878 1734 32 7 3651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5365651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2761676
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4002-2.50940.50781250.44572289241484
2.5094-2.64170.43811390.3792685282497
2.6417-2.80710.39571460.326527322878100
2.8071-3.02370.35141410.275627362877100
3.0237-3.32780.27291440.227427922936100
3.3278-3.80880.27621420.192127282870100
3.8088-4.79660.23351530.167628212974100
4.7966-34.46680.25591550.205329103065100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6809-0.0253-0.24960.04370.14160.4774-0.0070.5590.1521-0.25370.149-0.33290.2717-0.1335-0.0430.671-0.15350.0331-0.02740.08890.38262.003628.580761.0978
20.3932-0.0815-0.13730.0388-0.0050.11580.05750.0073-0.3218-0.5583-0.1613-0.3030.0983-0.0530.0590.74520.07040.0218-0.36240.11160.36956.6939-15.375418.5734
30.716-0.14720.10271.07240.27710.18780.01330.1570.10370.051-0.12910.1804-0.3329-0.01950.03920.5235-0.00160.06550.3309-0.01540.25458.39886.684826.327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 3:177A3 - 177
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 189:252A189 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3chain BB1 - 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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