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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3alw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the measles virus hemagglutinin bound to its cellular receptor SLAM (Form I, MV-H-SLAM(N102H/R108Y) fusion) | ||||||
![]() | Hemagglutinin, CDw150 | ||||||
![]() | viral protein/membrane protein / viral protein-receptor complex / six-bladed beta-propeller fold / Immunoglobulin fold / beta-sandwich / viral protein-membrane protein complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() lymphocyte activation / host cell membrane / positive regulation of type II interferon production / signaling receptor activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...lymphocyte activation / host cell membrane / positive regulation of type II interferon production / signaling receptor activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hashiguchi, T. / Ose, T. / Kubota, M. / Maita, N. / Kamishikiryo, J. / Maenaka, K. / Yanagi, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the measles virus hemagglutinin bound to its cellular receptor SLAM 著者: Hashiguchi, T. / Ose, T. / Kubota, M. / Maita, N. / Kamishikiryo, J. / Maenaka, K. / Yanagi, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 492.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62078.816 Da / 分子数: 1 断片: Hemagglutinin head domain/CD150 V domain, UNP reisudes 30-140 変異: N692H, R698Y (CDw150) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MV-H/SLAM fusion protein 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Edmonston B, B95a / 遺伝子: Hemagglutinin, CD150 / プラスミド: pCA7 / 細胞株 (発現宿主): HEK293SGnTI(-) / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: E2RZS2, UniProt: Q9GJT3, UniProt: P08362*PLUS | ||
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#2: 糖 | 配列の詳細 | THE GGGSGGGSGG | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 9.990449 Å3/Da / 溶媒含有率: 87.68824 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, floating drop / pH: 5.8 詳細: 0.1M imidazole pH5.8, 0.5M (NH4)2SO4, 0.7M Li2SO4, 3% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, FLOATING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.55→30 Å / Num. obs: 28716 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 78.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 38.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.55→3.68 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 2831 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2ZB6 解像度: 3.55→29.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 4911388.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 99.3884 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 138.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.55→29.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.55→3.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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