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万見
- PDB-3alp: Cell adhesion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3alp
タイトルCell adhesion protein
要素Poliovirus receptor-related protein 1
キーワードCELL ADHESION / immunoglobulin-like domain / V-set / C2-set
機能・相同性
機能・相同性情報


desmosome organization / Nectin/Necl trans heterodimerization / cell adhesion mediator activity / cochlea morphogenesis / protein localization to cell junction / lens morphogenesis in camera-type eye / enamel mineralization / growth cone membrane / cell-cell contact zone / virion binding ...desmosome organization / Nectin/Necl trans heterodimerization / cell adhesion mediator activity / cochlea morphogenesis / protein localization to cell junction / lens morphogenesis in camera-type eye / enamel mineralization / growth cone membrane / cell-cell contact zone / virion binding / Adherens junctions interactions / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / apical junction complex / regulation of synapse assembly / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / presynaptic active zone membrane / axon guidance / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / adherens junction / cell-cell adhesion / iron ion transport / virus receptor activity / retina development in camera-type eye / carbohydrate binding / cell adhesion / immune response / symbiont entry into host cell / dendrite / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nectin-1, first immunoglobulin (Ig) domain / Nectin-1, second immunoglobulin (Ig) domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...Nectin-1, first immunoglobulin (Ig) domain / Nectin-1, second immunoglobulin (Ig) domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / HEXANE-1,6-DIOL / Nectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Narita, H. / Nakagawa, A. / Suzuki, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the cis-Dimer of Nectin-1: implications for the architecture of cell-cell junctions
著者: Narita, H. / Yamamoto, Y. / Suzuki, M. / Miyazaki, N. / Yoshida, A. / Kawai, K. / Iwasaki, K. / Nakagawa, A. / Takai, Y. / Sakisaka, T.
履歴
登録2010年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poliovirus receptor-related protein 1
B: Poliovirus receptor-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3795
ポリマ－73,8772
非ポリマー5023
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area31940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.924, 164.924, 164.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Poliovirus receptor-related protein 1 / Herpes virus entry mediator C / Herpesvirus entry mediator C / HveC / Nectin-1 / Herpesvirus Ig- ...Herpes virus entry mediator C / Herpesvirus entry mediator C / HveC / Nectin-1 / Herpesvirus Ig-like receptor / HIgR


分子量: 36938.492 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular region (UNP RESIDUES 30-335) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HVEC, PRR1, PVRL1 / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15223
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.69 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1% PEG 3350, 50mM Bis-Tris propane, 50mM citric acid, 6% hexane-1,6-diol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9
シンクロトロンSPring-8 BL44XU21.07195
検出器
タイプID検出器日付詳細
Bruker DIP-60401CCD2009年3月9日mirror
Bruker DIP-60402CCD2009年2月10日mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
21.071951
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 36109 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 13666 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL2Mapモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.804→35.989 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 1747 5.03 %RANDAM
Rwork0.1899 ---
obs0.1917 34698 94.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.604 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.804→35.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4646 0 34 37 4717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2476544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.461725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077741
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008861
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8038-2.88630.32971080.2546245084
2.8863-2.97940.30261260.2498249187
2.9794-3.08580.28481340.2453255989
3.0858-3.20930.28471490.2352265592
3.2093-3.35520.29031600.2184267394
3.3552-3.5320.2741320.205278096
3.532-3.75310.23051480.194280397
3.7531-4.04250.23531590.1817284597
4.0425-4.44860.18761650.1471286299
4.4486-5.09080.20381450.1375291499
5.0908-6.4080.19141530.17332949100
6.408-35.99230.18981680.1952297097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48910.87430.58411.34870.72151.6688-0.0480.23010.15-0.06380.3029-0.2606-0.06830.3414-0.19210.2735-0.00490.09430.47090.09040.410142.593236.89014.5368
20.47350.4148-0.18880.17270.95561.6708-0.0345-0.09060.25820.1328-0.01330.18450.2580.15260.02660.31040.050.16570.21470.05840.316426.623149.119537.8937
3-0.0753-0.14350.40742.48852.67653.7484-0.4288-0.04460.09180.6769-0.52580.88060.2527-0.10810.7020.932-0.09120.34970.5042-0.30640.797823.184771.035774.1203
42.22061.40450.49842.05820.88850.5926-0.23420.2331-0.0106-0.24030.2404-0.03790.09380.1680.02190.31860.02280.10630.36740.09950.225132.804717.8231-7.1463
51.01561.8443-0.77732.5132-1.34541.60170.0260.0120.068-0.1303-0.0259-0.0370.2241-0.2054-0.00260.27520.01830.10910.32790.1340.307511.2403-8.471111.009
62.38272.5516-1.40512.1506-1.43430.5188-0.59520.6533-0.3447-0.67860.2786-0.42080.3317-0.42530.26220.7167-0.28570.23580.5674-0.09250.4556-12.5245-44.200915.9795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 21:130)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 131:231)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 232:321)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 18:130)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 131:231)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 232:321)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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