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万見
- PDB-3aln: Crystal Structure of human non-phosphorylated MKK4 kinase domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aln
タイトルCrystal Structure of human non-phosphorylated MKK4 kinase domain complexed with AMP-PNP
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4
キーワードTRANSFERASE / KINASE / PROTEIN AMP-PNP COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / cellular response to sorbitol / JUN kinase kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of motor neuron apoptotic process / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / Uptake and function of anthrax toxins ...smooth muscle cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / cellular response to sorbitol / JUN kinase kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of motor neuron apoptotic process / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / Uptake and function of anthrax toxins / JNK cascade / dendrite cytoplasm / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of DNA replication / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / response to wounding / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular senescence / MAPK cascade / protein tyrosine kinase activity / perikaryon / Oxidative Stress Induced Senescence / molecular adaptor activity / protein kinase activity / positive regulation of protein phosphorylation / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Matsumoto, T. / Kinoshita, T. / Kirii, Y. / Yokota, K. / Hamada, K. / Tada, T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of MKK4 kinase domain reveal that substrate peptide binds to an allosteric site and induces an auto-inhibition state
著者: Matsumoto, T. / Kinoshita, T. / Kirii, Y. / Yokota, K. / Hamada, K. / Tada, T.
履歴
登録2010年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4
C: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,9808
ポリマ－112,4133
非ポリマー1,5675
水00
1
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0013
ポリマ－37,4711
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0013
ポリマ－37,4711
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9772
ポリマ－37,4711
非ポリマー5061
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.508, 76.123, 173.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 4 / MAP kinase kinase 4 / MAPKK 4 / MAPK/ERK kinase 4 / MEK 4 / JNK-activating kinase 1 / c-Jun N- ...MAP kinase kinase 4 / MAPKK 4 / MAPK/ERK kinase 4 / MEK 4 / JNK-activating kinase 1 / c-Jun N-terminal kinase kinase 1 / JNKK / SAPK/ERK kinase 1 / SEK1


分子量: 37470.996 Da / 分子数: 3 / 断片: PROTEIN KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JNKK1, MAP2K4, MEK4, MKK4, PRKMK4, SERK1 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P45985, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Imidazole-HCl pH6.5, 22% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→86.56 Å / Num. all: 39879 / Num. obs: 38603 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.54 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.81 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0081精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FME

3fme


解像度: 2.3→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU B: 12.405 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37788 1943 5 %RANDOM
Rwork0.28441 ---
all0.289 38563 --
obs0.28919 36620 96.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.587 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3---1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5678 0 95 0 5773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8621.9997959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2855702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.73824.32250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.645151056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2341530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214274
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 136 -
Rwork0.357 2633 -
obs--95.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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