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- PDB-3ale: A type III polyketide synthase that produces diarylheptanoid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ale
タイトルA type III polyketide synthase that produces diarylheptanoid
要素Os07g0271500 protein
キーワードTRANSFERASE / type III polyketide synthase / benzalacetone synthase / diarylheptanoid
機能・相同性
機能・相同性情報


bisdemethoxycurcumin synthase / bisdemethoxycurcumin synthase activity / flavonoid biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bisdemethoxycurcumin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Morita, H. / Kato, R. / Sugio, S. / Abe, I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the one-pot formation of the diarylheptanoid scaffold by curcuminoid synthase from Oryza sativa
著者: Morita, H. / Wanibuchi, K. / Nii, H. / Kato, R. / Sugio, S. / Abe, I.
履歴
登録2010年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Os07g0271500 protein
B: Os07g0271500 protein
C: Os07g0271500 protein
D: Os07g0271500 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,3804
ポリマ－179,3804
非ポリマー00
水2,252125
1
A: Os07g0271500 protein
B: Os07g0271500 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6902
ポリマ－89,6902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25410 Å2
手法PISA
2
C: Os07g0271500 protein
D: Os07g0271500 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6902
ポリマ－89,6902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.7, 97.2, 126.2
Angle α, β, γ (deg.)90, 103.7, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Os07g0271500 protein / curcuminoid synthase / Putative chalcone synthase


分子量: 44844.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 株: japonica / 遺伝子: OJ1001_C01.122, OSJNBb0002J01.6, Os07g0271500 / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8LIL0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE AT THE POSITION (RESIDUE 46) IS ILE ACCORDING TO DATABASE GENBANK AK109558.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1M HEPES-NaOH, 1.995M ammonium sulfate, 3% dimethylsulfoxide, 2mM coenzyme A, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5814 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月8日
放射モノクロメーター: Cu K-alpha (anode) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 54813 / Num. obs: 54813 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 5207 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A5Q

3a5q


解像度: 2.5→25.96 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 2768 -RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.226 54813 --
obs0.226 54813 92.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11098 0 0 125 11223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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