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- PDB-3al2: Crystal Structure of TopBP1 BRCT7/8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3al2
タイトルCrystal Structure of TopBP1 BRCT7/8
要素DNA topoisomerase 2-binding protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein binding / BRCT domain
機能・相同性
機能・相同性情報


broken chromosome clustering / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / chromatin-protein adaptor activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein localization to site of double-strand break ...broken chromosome clustering / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / chromatin-protein adaptor activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein localization to site of double-strand break / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / DNA metabolic process / response to ionizing radiation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / site of DNA damage / DNA replication initiation / chromosome organization / DNA damage checkpoint signaling / protein serine/threonine kinase activator activity / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / double-strand break repair via homologous recombination / PML body / G2/M DNA damage checkpoint / spindle pole / actin cytoskeleton / site of double-strand break / chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / centrosome / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1, first BRCT domain / : / TopBP1/SLF1, BRCT domain / Secretoglobin superfamily / twin BRCT domain / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain ...: / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1, first BRCT domain / : / TopBP1/SLF1, BRCT domain / Secretoglobin superfamily / twin BRCT domain / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 2-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Leung, C.C. / Glover, J.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular basis of BACH1/FANCJ recognition by TopBP1 in DNA replication checkpoint control
著者: Leung, C.C. / Gong, Z. / Chen, J. / Glover, J.N.
履歴
登録2010年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月30日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX Determination method: Author determined
Remark 700SHEET Determination method: Author determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7573
ポリマ－26,5651
非ポリマー1922
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.583, 32.748, 81.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2-binding protein 1 / DNA topoisomerase II-binding protein 1 / DNA topoisomerase II-beta-binding protein 1 / TopBP1


分子量: 26565.078 Da / 分子数: 1 / 断片: BRCT7 and BRCT8, UNP residues 1264-1493 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0259, TOPBP1 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: Q92547
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Li2SO4, Tris-HCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 33711 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14.068
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.072.70.332192.9
2.07-2.153.10.287198.7
2.15-2.253.40.245199.9
2.25-2.373.60.207199.9
2.37-2.523.80.1581100
2.52-2.713.90.1361100
2.71-2.993.90.0971100
2.99-3.423.90.0641100
3.42-4.313.90.0571100
4.31-5040.032199.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
161.1665.83819.154S201
254.1516.40913.791S200.938
349.9416.02414.705S200.16
458.08616.5411.073S200.062
Phasing dmFOM : 0.64 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.73 / 反射: 16574 / Reflection acentric: 15290 / Reflection centric: 1284
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.7-19.5840.910.910.89797632165
3.6-5.70.910.920.8523692090279
2.9-3.60.820.820.8529292678251
2.5-2.90.670.670.6628852680205
2.1-2.50.520.510.5849004631269
2-2.10.340.340.3726942579115

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→31.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.997 / SU ML: 0.089 / SU R Cruickshank DPI: 0.1671 / SU Rfree: 0.1441 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The SF file contains Friedel pairs under I/F_plus and I/F_minus column.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 902 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.172 17624 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å2-0.12 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 10 182 1947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221881
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.9522566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1885245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.57723.52388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.10615332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3021513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8771.51137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64321843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4983744
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0644.5710
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 69 -
Rwork0.215 1212 -
obs--96.32 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.083 Å / Origin y: 28.441 Å / Origin z: 17.813 Å
111213212223313233
T0.0603 Å20.0071 Å2-0.0015 Å2-0.0231 Å20.0013 Å2--0.053 Å2
L0.2562 °2-0.035 °20.2528 °2-0.0956 °2-0.2368 °2--1.9002 °2
S0.0173 Å °0.0784 Å °-0.0051 Å °0.081 Å °0.0116 Å °0.0265 Å °-0.0074 Å °0.0498 Å °-0.0289 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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