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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ak0 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ancestral Congerin Con-anc'-N28K | |||||||||
![]() | Ancestral congerin Con-anc | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Ancestral Protein / Galectin / Lectin | |||||||||
機能・相同性 | Jelly Rolls - #200 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / beta-lactose![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Konno, A. / Kitagawa, A. / Watanabe, M. / Ogawa, T. / Shirai, T. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Tracing protein evolution through ancestral structures of fish galectin 著者: Konno, A. / Kitagawa, A. / Watanabe, M. / Ogawa, T. / Shirai, T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15313.016 Da / 分子数: 2 / 変異: N26K / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence is an ancestral gene of galectin, which has been reconstructed from phylogenetic information. The host is Escherichia coli (JM109), the plasmid is pTV-Con-anc. #2: 多糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.1M DL-malic acid, 1mM lactose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→50 Å / Num. all: 36613 / Num. obs: 36540 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 34 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 2403 / Rsym value: 0.409 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1IS3 解像度: 1.59→48.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 1.433 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.549 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→48.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.595→1.636 Å / Total num. of bins used: 20
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