ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データ収集 | MOLREP | | 位相決定 | CNS | 1.1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3A9W 解像度: 1.77→33.914 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 2647913.01 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.221 | 5551 | 10.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.199 | - | - | - |
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obs | 0.199 | 54563 | 96.9 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.0396 Å2 / ksol: 0.377828 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 63.44 Å2 / Biso mean: 24.8 Å2 / Biso min: 11.46 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.05 Å2 | 0 Å2 | -0.05 Å2 |
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2- | - | 0.07 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.06 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.22 Å | 0.2 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.14 Å | 0.12 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→33.914 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4964 | 0 | 122 | 243 | 5329 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.86 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it0.966 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.525 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.513 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.82 | 4.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.77→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.252 | 908 | 10.5 % |
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Rwork | 0.231 | 7740 | - |
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all | - | 8648 | - |
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obs | - | - | 92.8 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramX-RAY DIFFRACTION | 3 | ion.paramX-RAY DIFFRACTION | 4 | nad.paramX-RAY DIFFRACTION | 5 | MPD-NOV.param | | | | |
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