PDB-3ajb: Crystal Structure of human Pex3p in complex with N-terminal Pex19...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ajb

タイトル

Crystal Structure of human Pex3p in complex with N-terminal Pex19p peptide

要素

Peroxisomal biogenesis factor 19
Peroxisomal biogenesis factor 3

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / ALL ALPHA / Protein-Protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxisome membrane biogenesis / peroxisome membrane class-1 targeting sequence binding / establishment of protein localization to peroxisome / negative regulation of lipid binding / protein-lipid complex / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sato, Y. / Shibata, H. / Nakatsu, T. / Kato, H.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for docking of peroxisomal membrane protein carrier Pex19p onto its receptor Pex3p
著者: Sato, Y. / Shibata, H. / Nakatsu, T. / Nakano, H. / Kashiwayama, Y. / Imanaka, T. / Kato, H.

履歴

登録	2010年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ajb.cif.gz	75.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ajb.ent.gz	55.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ajb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/3ajb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/3ajb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4we7-4 4etx-d 6g0z-2 6g14-2 4we7-2 6g15-1 1kb6-d 3up6-2 2yep-1 4n18-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peroxisomal biogenesis factor 3

B: Peroxisomal biogenesis factor 19

41.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.600, 147.600, 86.202
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Peroxisomal biogenesis factor 3 / PEROXIN 3 / PEX3P 分子量: 36906.359 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytosolic domain, UNP residues 49-373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hCG_18102, PEX3, TRG18 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6FGP5, UniProt: P56589*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	Peroxisomal biogenesis factor 19 / Peroxin 19 / PEX19P / Peroxisomal farnesylated protein / 33 kDa housekeeping protein 分子量: 4904.264 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL PEPTIDE, UNP residues 1-44 / Mutation: C8A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HK33, OK/SW-cl.22, PEX19, PXF / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40855
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.24	62.05
2

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M NaCl, 50mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	90	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU	1	1
シンクロトロン	SPring-8	BL38B1	2	0.9791, 0.9794, 0.9642

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2007年12月6日
RIGAKU JUPITER 210	2	CCD	2008年2月22日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double-crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9791	1
3	0.9794	1
4	0.9642	1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 19774 / Num. obs: 19695 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 46.273

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.267 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.405 / SU ML: 0.168 / SU R Cruickshank DPI: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25435	1001	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21923	-	-	-
obs	0.22095	18591	100 %	-
all	-	19550	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.555 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	0.43 Å²	0 Å²
2-	-	0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2379	0	0	49	2428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.995	3295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.544	5	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.688	24.756	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.329	15	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.595	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.799	1.5	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.571	2	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.338	3	818
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.992	4.5	712
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	79	-
R_work	0.246	1337	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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