[日本語] English
万見
- PDB-3aix: Crystal structure of PCNA2-PCNA3 complex from Sulfolobus tokodaii... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aix
タイトルCrystal structure of PCNA2-PCNA3 complex from Sulfolobus tokodaii (I222)
要素
  • DNA polymerase sliding clamp B
  • DNA polymerase sliding clamp C
キーワードREPLICATION / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase sliding clamp 3 / DNA polymerase sliding clamp 2
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kawai, A. / Higuchi, S. / Miyamoto, S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: A novel heterotetrameric structure of the crenarchaeal PCNA2-PCNA3 complex
著者: Kawai, A. / Hashimoto, H. / Higuchi, S. / Tsunoda, M. / Sato, M. / Nakamura, K.T. / Miyamoto, S.
履歴
登録2010年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase sliding clamp C
B: DNA polymerase sliding clamp B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3225
ポリマ－55,0342
非ポリマー2883
水46826
1
A: DNA polymerase sliding clamp C
B: DNA polymerase sliding clamp B
ヘテロ分子

A: DNA polymerase sliding clamp C
B: DNA polymerase sliding clamp B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,64510
ポリマ－110,0684
非ポリマー5766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.100, 111.800, 170.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp C / PCNA3 / Proliferating cell nuclear antigen homolog C / PCNA C


分子量: 27459.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / 遺伝子: st0944 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q973F5
#2: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp B / PCNA2 / Proliferating cell nuclear antigen homolog B / PCNA B


分子量: 27574.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / 遺伝子: st0397 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q975M2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.89 % / Mosaicity: 1.02 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M sodium Acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→93.549 Å / Num. all: 19736 / Num. obs: 19736 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 52.6 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 2830 / Rsym value: 0.495 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 50.25 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.9 Å48.3 Å
Translation2.9 Å48.3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IZO

2izo


解像度: 2.9→48.301 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.821 / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1009 5.12 %RANDOM
Rwork0.2098 18709 --
obs0.2123 19718 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.352 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 105.19 Å2 / Biso mean: 47.577 Å2 / Biso min: 23.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4053 Å20 Å20 Å2
2--4.5194 Å20 Å2
3---0.8858 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.301 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3864 0 15 26 3905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.475327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8691452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002675
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8999-3.05280.33841500.27682617X-RAY DIFFRACTION100
3.0528-3.2440.30821330.25132639X-RAY DIFFRACTION100
3.244-3.49440.24711570.21892650X-RAY DIFFRACTION100
3.4944-3.8460.27061390.20632649X-RAY DIFFRACTION100
3.846-4.40220.24311420.19782660X-RAY DIFFRACTION100
4.4022-5.5450.22141330.16492713X-RAY DIFFRACTION100
5.545-48.30740.23431550.21132781X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る