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万見
- PDB-3aiq: Crystal structure of beta-glucosidase in wheat complexed with an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aiq
タイトルCrystal structure of beta-glucosidase in wheat complexed with an aglycone DIMBOA
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / glycosidases
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / chloroplast / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HBO / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase 1b, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sue, M. / Nakamura, C. / Miyamoto, T. / Yajima, S.
引用ジャーナル: Plant Sci. / 年: 2011
タイトル: Active-site architecture of benzoxazinone-glucoside beta-D-glucosidases in Triticeae
著者: Sue, M. / Nakamura, C. / Miyamoto, T. / Yajima, S.
履歴
登録2010年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月4日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3782
ポリマ－64,1671
非ポリマー2111
水12,502694
1
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,26612
ポリマ－384,9996
非ポリマー1,2676
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation14_444-y-1/4,-x-1/4,-z-1/41
crystal symmetry operation19_444-x-1/4,-z-1/4,-y-1/41
crystal symmetry operation24_444-z-1/4,-y-1/4,-x-1/41
Buried area16070 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area97540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.962, 193.962, 193.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase


分子量: 64166.574 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 50-569 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 遺伝子: Taglu1b / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Codonplus(de3) Ril / 参照: UniProt: Q1XH05, beta-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-HBO / 2,4-DIHYDROXY-7-(METHYLOXY)-2H-1,4-BENZOXAZIN-3(4H)-ONE / (2R)-7-メトキシ-2,4-ジヒドロキシ-2H-1,4-ベンゾオキサジン-3(4H)-オン


分子量: 211.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9NO5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 10mM HEPES, 1M LiSO4, 150mM NaCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月15日
放射モノクロメーター: triangular Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 100930 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 42.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DGA

2dga


解像度: 1.9→43.4 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 --RNADOM
Rwork0.195 ---
obs-92559 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3969 0 15 694 4678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.344
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.328
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.134
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 335 -
Rwork0.248 --
obs-4859 99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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