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- PDB-3aii: Archaeal non-discriminating glutamyl-tRNA synthetase from Methano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aii
タイトルArchaeal non-discriminating glutamyl-tRNA synthetase from Methanothermobacter thermautotrophicus
要素Glutamyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / amino-acyl tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


amide biosynthetic process / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / protein-containing complex / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein L25; Chain P - #100 / : / Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / Ribosomal Protein L25; Chain P / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase ...Ribosomal Protein L25; Chain P - #100 / : / Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / Ribosomal Protein L25; Chain P / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Glutamate--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Nureki, O. / Ishitani, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Structure of an archaeal non-discriminating glutamyl-tRNA synthetase: a missing link in the evolution of Gln-tRNAGln formation
著者: Nureki, O. / O'Donoghue, P. / Watanabe, N. / Ohmori, A. / Oshikane, H. / Araiso, Y. / Sheppard, K. / Soll, D. / Ishitani, R.
履歴
登録2010年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4145
ポリマ－63,1861
非ポリマー2284
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.070, 99.898, 105.402
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glutamyl-tRNA synthetase / Glutamate--tRNA ligase / GluRS


分子量: 63185.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: str. Delta H / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O26157, glutamate-tRNA ligase

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非ポリマー , 5種, 424分子

#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50mM sodium cacodylate, 50mM calcium chloride, 8% PEG6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 67808 / Num. obs: 67808 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 10.5 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 42.9
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5552 / Rsym value: 0.312 / % possible all: 81.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→36.69 Å / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 20.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2187 3397 5.01 %Random
Rwork0.1941 ---
obs0.1954 67747 97.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.067 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.224 Å2-0 Å20 Å2
2---7.1105 Å2-0 Å2
3---1.8864 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→36.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3673 0 10 420 4103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0415218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8361482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005693
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.67360.26271030.24251948X-RAY DIFFRACTION72
1.6736-1.69860.28851210.23832326X-RAY DIFFRACTION86
1.6986-1.72510.24821370.22932555X-RAY DIFFRACTION94
1.7251-1.75340.25291320.21222633X-RAY DIFFRACTION97
1.7534-1.78370.21731370.20142672X-RAY DIFFRACTION99
1.7837-1.81610.24521520.18612710X-RAY DIFFRACTION99
1.8161-1.8510.20971400.18872699X-RAY DIFFRACTION100
1.851-1.88880.22081460.17732705X-RAY DIFFRACTION100
1.8888-1.92990.18041470.17552726X-RAY DIFFRACTION100
1.9299-1.97480.21861320.17452691X-RAY DIFFRACTION100
1.9748-2.02410.20531440.18012726X-RAY DIFFRACTION100
2.0241-2.07890.22571590.18222741X-RAY DIFFRACTION100
2.0789-2.140.21341370.18142712X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.20910.20521460.17422723X-RAY DIFFRACTION100
2.2091-2.2880.25721340.18842760X-RAY DIFFRACTION100
2.288-2.37960.23321520.19112729X-RAY DIFFRACTION100
2.3796-2.48790.22671510.18572723X-RAY DIFFRACTION100
2.4879-2.6190.23081420.192764X-RAY DIFFRACTION100
2.619-2.78310.20941440.19322755X-RAY DIFFRACTION100
2.7831-2.99790.22591420.19492784X-RAY DIFFRACTION100
2.9979-3.29940.20681510.1952780X-RAY DIFFRACTION100
3.2994-3.77640.20971470.18192799X-RAY DIFFRACTION100
3.7764-4.75620.17591510.17022827X-RAY DIFFRACTION100
4.7562-36.69880.23541500.23182862X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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