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- PDB-3ahn: PZ PEPTIDASE A with Inhibitor 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ahn
タイトルPZ PEPTIDASE A with Inhibitor 1
要素Oligopeptidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide metabolic process / metalloendopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M3B, oligoendopeptidase-related / Neurolysin; domain 3 - #30 / Peptidase M3A/M3B / Neurolysin; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N~2~-{(2S)-3-[(R)-hydroxy{(1R)-2-phenyl-1-[(phenylacetyl)amino]ethyl}phosphoryl]-2-methylpropanoyl}-L-lysyl-D-serine / Chem-3A1 / ACETATE ION / Oligopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus sp. MO-1 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nakano, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The exquisite structure and reaction mechanism of bacterial Pz-peptidase A toward collagenous peptides: X-ray crystallographic structure analysis of PZ-peptidase a reveals differences ...タイトル: The exquisite structure and reaction mechanism of bacterial Pz-peptidase A toward collagenous peptides: X-ray crystallographic structure analysis of PZ-peptidase a reveals differences from mammalian thimet oligopeptidase.
著者: Kawasaki, A. / Nakano, H. / Hosokawa, A. / Nakatsu, T. / Kato, H. / Watanabe, K.
履歴
登録2010年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32015年12月16日Group: Database references
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligopeptidase
B: Oligopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,60911
ポリマ－132,9732
非ポリマー1,6359
水25,4731414
1
A: Oligopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2755
ポリマ－66,4871
非ポリマー7884
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Oligopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3346
ポリマ－66,4871
非ポリマー8475
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.379, 194.148, 59.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Oligopeptidase / PZ PEPTIDASE A


分子量: 66486.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Geobacillus sp. MO-1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q4W803
#2: 化合物 ChemComp-3A1 / N~2~-{(2S)-3-[(R)-hydroxy{(1R)-2-phenyl-1-[(phenylacetyl)amino]ethyl}phosphoryl]-2-methylpropanoyl}-L-lysyl-D-serine


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 604.632 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H41N4O8P
参照: N~2~-{(2S)-3-[(R)-hydroxy{(1R)-2-phenyl-1-[(phenylacetyl)amino]ethyl}phosphoryl]-2-methylpropanoyl}-L-lysyl-D-serine
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The purified protein solution, concentrated to about 20 mg/ml in 50 mM Tris-HCl (pH7.5), was incubated in the absence or presence of the inhibitor in 12% (w/v) PEG 4000, 0.5 M magnesium ...詳細: The purified protein solution, concentrated to about 20 mg/ml in 50 mM Tris-HCl (pH7.5), was incubated in the absence or presence of the inhibitor in 12% (w/v) PEG 4000, 0.5 M magnesium acetate, and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.0) for five days by the hanging-drop vapor diffusion method at 293 K. The inhibitor at final concentrations were 0.5 mM., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT
検出器日付: 2006年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.97 Å / Num. obs: 104042

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20038 5511 5 %RANDOM
Rwork0.18826 ---
obs0.18888 104042 96.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.023 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9384 0 106 1414 10904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0229737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.94913137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.31351125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.24624.179536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.582151669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8881560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.21317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.25253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.26852
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1020.2836
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6050.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8361.55636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33429060
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29834101
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4974.54077
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 372 -
Rwork0.29 7382 -
obs--93.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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