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万見
- PDB-3agu: Hemerythrin-like domain of DcrH (semimet-R) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3agu
タイトルHemerythrin-like domain of DcrH (semimet-R)
要素Hemerythrin-like domain protein DcrH
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / OXYGEN BINDING / DIIRON / FOUR-HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


lysozyme activity / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemerythrin-like / Hemerythrin, metal-binding domain / Haemerythrin, iron-binding site / Hemerythrin-like superfamily / Hemerythrin family signature. / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. ...Hemerythrin-like / Hemerythrin, metal-binding domain / Haemerythrin, iron-binding site / Hemerythrin-like superfamily / Hemerythrin family signature. / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLORO DIIRON-OXO MOIETY / Methyl-accepting chemotaxis protein DcrH / Hemerythrin-like domain protein DcrH
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.805 Å
データ登録者Onoda, A. / Okamoto, Y. / Sugimoto, H. / Mizohata, E. / Inoue, T. / Shiro, Y. / Hayashi, T.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Characteristics of Diiron Site with Large Cavity in Hemerythrin-like Domain of DcrH
著者: Onoda, A. / Okamoto, Y. / Sugimoto, H. / Mizohata, E. / Inoue, T. / Shiro, Y. / Hayashi, T.
履歴
登録2010年4月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemerythrin-like domain protein DcrH
B: Hemerythrin-like domain protein DcrH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6434
ポリマ－32,3172
非ポリマー3262
水4,648258
1
A: Hemerythrin-like domain protein DcrH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3212
ポリマ－16,1581
非ポリマー1631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hemerythrin-like domain protein DcrH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3212
ポリマ－16,1581
非ポリマー1631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.425, 44.903, 48.076
Angle α, β, γ (deg.)95.210, 103.980, 89.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAASPASP3AA14 - 10014 - 100
211ALAALAASPASP3BB14 - 10014 - 100
121VALVALARGARG3AA112 - 133112 - 133
221VALVALARGARG3BB112 - 133112 - 133
112CFOCFOCFOCFO4AC201
212CFOCFOCFOCFO4BD201

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Hemerythrin-like domain protein DcrH


分子量: 16158.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: Hildenborough / 遺伝子: dcrH / プラスミド: pET-16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9REU3, UniProt: Q726F3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CFO / CHLORO DIIRON-OXO MOIETY


分子量: 163.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: ClFe2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 % / Mosaicity: 2.034 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 24% (W/V) PEG4000, 0.2M CaCl2, 12% (V/V) isopropanol, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 24033 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.067 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 16.259
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2362 / Χ2: 0.812 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SPACEデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AWY

2awy


解像度: 1.805→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / WRfactor Rfree: 0.282 / WRfactor Rwork: 0.241 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2921 1195 4.974 %RANDOM
Rwork0.2471 ---
obs-24026 96.899 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.104 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.747 Å2-0.128 Å20.131 Å2
2---0.826 Å2-0.135 Å2
3---1.612 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.805→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2246 0 8 258 2512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2281.9493313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2265299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.74121.942139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.91915464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9181536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6581.51389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07922255
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74231054
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7744.51041
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1428TIGHT POSITIONAL0.020.05
1483LOOSE POSITIONAL0.085
1428TIGHT THERMAL0.120.5
1483LOOSE THERMAL0.1310
24MEDIUM POSITIONAL0.010.5
24MEDIUM THERMAL0.472
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.805-1.8520.326690.2791577183989.505
1.852-1.9020.312820.2491591174795.764
1.902-1.9570.347840.2581617176996.156
1.957-2.0160.349790.231486163096.012
2.016-2.0820.288760.2261537167396.414
2.082-2.1540.292840.2281408153897.009
2.154-2.2340.274820.2291440156697.19
2.234-2.3240.298690.2521323142597.684
2.324-2.4260.287790.2271297140498.006
2.426-2.5430.249700.2411241134397.617
2.543-2.6780.323580.2481195127598.275
2.678-2.8370.321540.2621143121598.519
2.837-3.0290.314730.2481056114898.345
3.029-3.2650.244510.248982104998.475
3.265-3.5670.333530.25889996298.961
3.567-3.9730.274400.22885691398.138
3.973-4.5570.237310.23673477698.582
4.557-5.510.219240.22964567399.406
5.51-7.5130.407160.33450152099.423
7.513-200.27210.3130333098.182
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1191-0.5448-0.19311.19610.08810.42150.0130.0177-0.0517-0.1157-0.01740.04160.0333-0.01810.00440.02940.0057-0.00750.0252-0.00120.012422.90127.46914.243
21.10360.74270.33761.71950.16030.45220.0048-0.04030.06520.1406-0.01480.0273-0.0369-0.02540.010.03740.0185-0.00590.0168-0.0050.00816.1586.69331.811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA15 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2ALLB15 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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