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万見
- PDB-3agn: Crystal Structure of Ustilago sphaerogena Ribonuclease U2 Complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3agn
タイトルCrystal Structure of Ustilago sphaerogena Ribonuclease U2 Complexed with adenosine 3'-monophosphate
要素Ribonuclease U2
キーワードHYDROLASE / purine-specific endo-ribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease U2 / ribonuclease U2 activity / lyase activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ribonuclease / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3AM / Ribonuclease U2
類似検索 - 構成要素
生物種Ustilago sphaerogena (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.96 Å
データ登録者Noguchi, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Isomerization mechanism of aspartate to isoaspartate implied by structures of Ustilago sphaerogena ribonuclease U2 complexed with adenosine 3'-monophosphate
著者: Noguchi, S.
履歴
登録2010年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月4日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease U2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7793
ポリマ－12,3921
非ポリマー3872
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.880, 39.789, 35.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease U2 / RNase U2


分子量: 12392.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ustilago sphaerogena (菌類) / 参照: UniProt: P00654, EC: 3.1.27.4
#2: 化合物 ChemComp-3AM / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate / 3'-AMP / アデノシン3′-りん酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.75
詳細: 12.5% PEG 8000, 200mM calcium acetate, 100mM sodium cacodylate, 240mM HCl, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日
放射モノクロメーター: TRIANGULAR Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.96→34.3 Å / Num. obs: 58543 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 72.2
反射 シェル解像度: 0.96→0.984 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 7.43 / Num. unique all: 3749 / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RTU

1rtu


解像度: 0.96→31.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / WRfactor Rfree: 0.125 / WRfactor Rwork: 0.116 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.954 / SU B: 0.336 / SU ML: 0.009 / SU R Cruickshank DPI: 0.018 / SU Rfree: 0.018 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.018 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.127 2949 5 %RANDOM
Rwork0.117 ---
obs0.118 58481 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.82 Å2 / Biso mean: 6.48 Å2 / Biso min: 2.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati sigma a0.018 Å0.018 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.96→31.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数870 0 24 166 1060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.021982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.02601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4051.9721358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.56231480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0715122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06425.76952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.38915124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.071153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1221.5601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2871.5241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6912972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.163381
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8034.5385
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.73531582
LS精密化 シェル解像度: 0.959→0.984 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 178 -
Rwork0.238 3571 -
all-3749 -
obs-3749 86.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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