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- PDB-3agf: Crystal structure of Bacillus glutaminase in the presence of 4.3M NaCl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3agf
タイトルCrystal structure of Bacillus glutaminase in the presence of 4.3M NaCl
要素Glutaminase 1
キーワードHYDROLASE / Glutaminase super family
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamine catabolic process / glutamate biosynthetic process / glutaminase / glutaminase activity
類似検索 - 分子機能
Probable Glutaminase Ybgj; Chain: A, domain 2 / Probable Glutaminase Ybgj; Chain: A, domain 2 - #10 / Glutaminase / Glutaminase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yoshimune, K. / Shirakihara, Y. / Yumoto, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Salt-induced conformational change of salt-tolerant glutaminase from Micrococcus luteus K-3
著者: Yoshimune, K. / Shirakihara, Y. / Yumoto, I.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaminase 1
B: Glutaminase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4492
ポリマ－72,4492
非ポリマー00
水4,288238
1
A: Glutaminase 1
B: Glutaminase 1

A: Glutaminase 1
B: Glutaminase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8984
ポリマ－144,8984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area40650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.837, 179.965, 51.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Glutaminase 1


分子量: 36224.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: Glutaminase / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O31465, glutaminase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch method / pH: 7.5
詳細: 11mg/ml protein, 50mM HEPES, 4.3M NaCl, pH 7.5, Microbatch method, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→19.82 Å / Num. all: 21097 / Num. obs: 21093 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 40.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rsym value: 0.191 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3037 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1mki

1mki


解像度: 2.6→19.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1064 5 %RANDOM
Rwork0.213 20029 --
all-21097 --
obs-21093 100 %-
溶媒の処理Bsol: 45.256 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 30.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.51 Å20 Å20 Å2
2---2.83 Å20 Å2
3---16.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4623 0 0 238 4861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.2961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.5182
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.82420
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.46520.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6-2.720.3711180.3240.034256999.7
2.72-2.860.3451360.2970.03260299.7
2.86-3.040.2891380.2720.0252579100
3.04-3.270.2751310.2290.024261599.8
3.27-3.60.2661390.2110.023261099.9
3.6-4.120.1961160.1970.018263199.9
4.12-5.170.191390.1760.0162691100
5.17-19.820.2511470.210.0212796100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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