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- PDB-3ag0: Crystal structure of carbonmonoxy human cytoglobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ag0
タイトルCrystal structure of carbonmonoxy human cytoglobin
要素Cytoglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Globins / Heme / Carbon Monoxide / Complex / Ligands / hexacoordination / bis-His / Disulfide bond / Iron / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor / fatty acid peroxidase activity / nitric oxide dioxygenase activity, heme protein as donor / negative regulation of hepatic stellate cell activation / Intracellular oxygen transport / nitric oxide catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / carbon monoxide binding / negative regulation of fibroblast migration / catalase activity ...Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor / fatty acid peroxidase activity / nitric oxide dioxygenase activity, heme protein as donor / negative regulation of hepatic stellate cell activation / Intracellular oxygen transport / nitric oxide catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / carbon monoxide binding / negative regulation of fibroblast migration / catalase activity / superoxide dismutase / fatty acid oxidation / superoxide dismutase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / eNOS activation / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / response to hypoxia / neuron projection / iron ion binding / neuronal cell body / heme binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Globin, lamprey/hagfish type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Makino, M. / Sawai, H. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the carbon monoxide complex of human cytoglobin
著者: Makino, M. / Sawai, H. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.
履歴
登録2010年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年7月12日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.title / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2223
ポリマ－21,5781
非ポリマー6442
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.198, 43.977, 94.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytoglobin / Histoglobin / HGb / Stellate cell activation-associated protein


分子量: 21577.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYGB, STAP / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8WWM9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: バッチ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 20mM ammonium acetate, 5mM sodium dithionite, pH 8.0, batch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月6日 / 詳細: K-B mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection数: 34085 / Rmerge(I) obs: 0.104 / D res high: 2.6 Å / Num. obs: 4892 / % possible obs: 98.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
4.455.649898.610.059
3.884.455099910.06
3.533.8847998.610.08
3.283.5347999.210.109
3.083.285019910.158
2.933.0846497.310.224
2.82.9348610010.28
2.692.848096.410.36
2.62.6945610010.498
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 4892 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.121 Å2 / Rmerge F obs: 0.112 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 16.31 / Num. measured all: 34085
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.6-2.690.4280.4984.533274564560.54100
2.69-2.80.3180.365.734064984800.3996.4
2.8-2.930.2590.287.135284864860.3100
2.93-3.080.1970.2248.933294774640.2497.3
3.08-3.280.140.15811.935465065010.1799
3.28-3.530.0980.10915.634364834790.1299.2
3.53-3.880.0610.0821.133514864790.0998.6
3.88-4.450.0430.0626.234535145090.0699
4.45-5.60.0430.05927.233105054980.0698.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.84 Å47.01 Å
Translation2.84 Å47.01 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BSSデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V5H

1v5h


解像度: 2.6→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 1279585.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 246 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 4877 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.1626 Å2 / ksol: 0.33375 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.04 Å20 Å20 Å2
2---2.08 Å20 Å2
3---9.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1264 0 45 43 1352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.482.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.056 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 36 4.6 %
Rwork0.287 746 -
all-782 -
obs--98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3hem.paramhem.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5cmo.paramcmo.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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