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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dc3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human cytoglobin at 1.68 angstroms resolution | ||||||
要素 | Cytoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / cytoglobin / myoglobin (ミオグロビン) / heme (ヘム) / oxygen transport (血液) / oxygen storage / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor / fatty acid peroxidase activity / negative regulation of hepatic stellate cell activation / oxidoreductase activity, acting on a heme group of donors / Intracellular oxygen transport / nitric oxide catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / carbon monoxide binding / negative regulation of fibroblast migration / catalase activity ...Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor / fatty acid peroxidase activity / negative regulation of hepatic stellate cell activation / oxidoreductase activity, acting on a heme group of donors / Intracellular oxygen transport / nitric oxide catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / carbon monoxide binding / negative regulation of fibroblast migration / catalase activity / スーパーオキシドディスムターゼ / superoxide dismutase activity / Β酸化 / nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 血液 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / eNOS activation / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to oxidative stress / response to hypoxia / oxidoreductase activity / neuron projection / iron ion binding / neuronal cell body / heme binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å | ||||||
データ登録者 | Makino, M. / Sugimoto, H. / Sawai, H. / Kawada, N. / Yoshizato, K. / Shiro, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006 タイトル: High-resolution structure of human cytoglobin: identification of extra N- and C-termini and a new dimerization mode. 著者: Makino, M. / Sugimoto, H. / Sawai, H. / Kawada, N. / Yoshizato, K. / Shiro, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dc3.cif.gz | 163.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dc3.ent.gz | 127.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dc3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/2dc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/2dc3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1v5hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a dimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21715.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Bacteria細菌 / 遺伝子: CYGB / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8WWM9 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACY / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.4M sodium acetate, 100mM sodium cacodylate, 5mM KCN, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月2日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→50 Å / Num. all: 39043 / Num. obs: 39043 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 14.64 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.92 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / Num. unique all: 3849 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1V5H 解像度: 1.68→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.377 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
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