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- PDB-3afr: Crystal Structure of VDR-LBD/22S-Butyl-1a,24R-dihydroxyvitamin D3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3afr
タイトルCrystal Structure of VDR-LBD/22S-Butyl-1a,24R-dihydroxyvitamin D3 complex
要素
  • 13-meric peptide from Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
  • Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION/Transcription regulator / Vitamin D Receptor / nuclear receptor / agonist / antagonist / vitamin D derivative / DNA-binding / Nucleus / Receptor / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION-Transcription regulator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / bile acid nuclear receptor activity / response to bile acid / dense fibrillar component / positive regulation of parathyroid hormone secretion / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport ...negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / bile acid nuclear receptor activity / response to bile acid / dense fibrillar component / positive regulation of parathyroid hormone secretion / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to vitamin D / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / vitamin D binding / calcitriol binding / vitamin D response element binding / lithocholic acid binding / nuclear retinoic acid receptor binding / mediator complex / positive regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of ossification / cellular response to thyroid hormone stimulus / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / intestinal absorption / bile acid signaling pathway / nuclear thyroid hormone receptor binding / response to aldosterone / mammary gland branching involved in pregnancy / regulation of calcium ion transport / decidualization / negative regulation of keratinocyte proliferation / heterochromatin / nuclear retinoid X receptor binding / T-tubule / lactation / skeletal system development / apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / animal organ morphogenesis / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / cell morphogenesis / nuclear matrix / intracellular calcium ion homeostasis / response to calcium ion / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to amyloid-beta / calcium ion transport / nuclear receptor activity / response to estradiol / heart development / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / receptor complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ICJ / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Inaba, Y. / Nakabayashi, M. / Itoh, T. / Ikura, T. / Ito, N. / Yamamoto, K.
引用ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: 22S-Butyl-1alpha,24R-dihydroxyvitamin D(3): Recovery of vitamin D receptor agonistic activity
著者: Inaba, Y. / Nakabayashi, M. / Itoh, T. / Yoshimoto, N. / Ikura, T. / Ito, N. / Shimizu, M. / Yamamoto, K.
履歴
登録2010年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
C: 13-meric peptide from Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6393
ポリマ－32,1662
非ポリマー4731
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.448, 43.394, 41.992
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.341, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 30595.037 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain, residues 116-423 / 変異: deletion mutant, residues 165-211 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: VDR, NR1I1 / プラスミド: PET-14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド 13-meric peptide from Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Mediator complex subunit 1 / peroxisome proliferator-activated receptor


分子量: 1570.898 Da / 分子数: 1 / 断片: DRIP205 NR2 BOX peptide, residues 624-636 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE
由来: (合成) Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
参照: UniProt: A1L0Z0
#3: 化合物 ChemComp-ICJ / (1R,3S,5Z)-5-[(2E)-2-{(1R,3aS,7aR)-1-[(1R,2S,4R)-2-butyl-4-hydroxy-1,5-dimethylhexyl]-7a-methyloctahydro-4H-inden-4-yli dene}ethylidene]-4-methylidenecyclohexane-1,3-diol / 22S-butyl-1a,24R-dihydroxyvitamin D3 / (22S,24R)-1α,24-ジヒドロキシ-22-ブチルコレカルシフェロ-ル


分子量: 472.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H52O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 % / Mosaicity: 0.452 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MOPS-Na, Na-Formate, PEG 4000, Ethyleneglycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月25日
放射モノクロメーター: TRIANGULAR SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 19085 / Num. obs: 18614 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 2.502 / Net I/σ(I): 36.97
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / Num. unique all: 1670 / Χ2: 1.678 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RK3

1rk3


解像度: 2→41.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 137588 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1727 9.8 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all-19085 --
obs-17660 93.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.389 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 78.75 Å2 / Biso mean: 41.247 Å2 / Biso min: 23.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.4 Å20 Å2-4.12 Å2
2--26.07 Å20 Å2
3----6.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2015 0 34 60 2109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 209 7.9 %
Rwork0.32 2426 -
all-2635 -
obs--84.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2IC1_par.paramIC1_top.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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