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- PDB-3adr: The first crystal structure of an archaeal metallo-beta-lactamase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3adr
タイトルThe first crystal structure of an archaeal metallo-beta-lactamase superfamily protein; ST1585 from Sulfolobus tokodaii
要素Putative uncharacterized protein ST1585
キーワードSIGNALING PROTEIN / quorum sensing / quinolone signal / metallo-beta-lactamase fold / conserved hypothetical protein / archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


ST1585, MBL-fold / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase fold-containing protein ST1585
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shimada, A. / Ishikawa, H. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: The first crystal structure of an archaeal metallo-beta-lactamase superfamily protein; ST1585 from Sulfolobus tokodaii
著者: Shimada, A. / Ishikawa, H. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R.
履歴
登録2010年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein ST1585
B: Putative uncharacterized protein ST1585
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,77120
ポリマ－59,2882
非ポリマー1,48318
水5,459303
1
A: Putative uncharacterized protein ST1585
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,51012
ポリマ－29,6441
非ポリマー86611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative uncharacterized protein ST1585
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2618
ポリマ－29,6441
非ポリマー6177
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.970, 45.230, 110.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-355-

HOH

21B-375-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein ST1585


分子量: 29644.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / 遺伝子: ST1585 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: Q970L2
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 % / Mosaicity: 0.267 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M HEPES, 10% PEG 8000, 8% ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.9794, 0.9791, 0.9000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月12日
放射モノクロメーター: transparent diamond double crystal
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97911
30.91
Reflection冗長度: 7.1 % / Av σ(I) over netI: 28.9 / 数: 399949 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 2.05 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 56067 / % possible obs: 98.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.885099.910.0582.6847.3
3.083.8810010.082.7037.6
2.693.0810010.1153.1357.6
2.442.6910010.1422.8067.6
2.272.4410010.1652.3937.6
2.132.2710010.1851.897.6
2.032.1310010.2041.3767.6
1.942.0310010.2390.9527.4
1.861.9497.810.2830.86.1
1.81.8684.710.2890.6574.6
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 56293 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 2.496 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Num. unique all: 4929 / Χ2: 0.743 / % possible all: 87.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
3 wavelength110.97915.4-7.42
3 wavelength120.97944-7.99
3 wavelength130.91.82-2.96
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se13.2360.0830.0010.0810.676
2Se16.1770.9720.2970.3860.7
3Se14.9790.4570.2710.3610.665
4Se16.9890.0960.4750.080.619
5Se21.1560.8780.2090.2670.512
6Se22.4870.1070.3240.1770.517
7Se22.3120.1770.2490.2080.652
8Se17.4260.0360.3350.10.392
9Se26.1780.5440.1320.4850.606
10Se24.2950.4740.0440.2790.62
11Se14.650.5280.1190.3920.452
12Se30.480.6360.410.0450.65
13Se30.3530.650.3560.0950.633
14Se30.6710.9070.1550.2690.634
15Se33.2660.9370.2570.2130.316
16Se1.7540.130.2210.0390.099
17Se44.2890.7140.4670.2140.373
Phasing dmFOM : 0.7 / FOM acentric: 0.7 / FOM centric: 0.72 / 反射: 53344 / Reflection acentric: 50617 / Reflection centric: 2727
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.1-19.9910.960.970.9524252058367
3.2-5.10.960.960.9173586742616
2.6-3.20.880.890.7793848838546
2.3-2.60.780.790.6794048966438
1.9-2.30.590.60.481629215686606
1.8-1.90.350.350.3484818327154

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.13位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2517646 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 5428 10.2 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs-53344 93.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.909 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 61.37 Å2 / Biso mean: 22.67 Å2 / Biso min: 8.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.77 Å20 Å21.79 Å2
2---3.03 Å20 Å2
3---0.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4046 0 82 303 4431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.842.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 747 10 %
Rwork0.215 6697 -
all-7444 -
obs--79.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_st1585.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4ligand.paramligand.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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