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- PDB-3adl: Structure of TRBP2 and its molecule implications for miRNA processing -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3adl
タイトルStructure of TRBP2 and its molecule implications for miRNA processing
要素
  • RISC-loading complex subunit TARBP2
  • RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードGENE REGULATION/RNA / TRBP2 / miRNA processing / GENE REGULATION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of siRNA processing / regulation of miRNA processing / regulation of viral transcription / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of regulatory ncRNA processing / negative regulation of defense response to virus by host / pre-miRNA binding / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / global gene silencing by mRNA cleavage / RISC-loading complex ...regulation of siRNA processing / regulation of miRNA processing / regulation of viral transcription / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of regulatory ncRNA processing / negative regulation of defense response to virus by host / pre-miRNA binding / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / global gene silencing by mRNA cleavage / RISC-loading complex / RISC complex assembly / miRNA processing / siRNA binding / pre-miRNA processing / pre-mRNA binding / siRNA processing / RISC complex / MicroRNA (miRNA) biogenesis / miRNA binding / positive regulation of viral genome replication / protein sequestering activity / negative regulation of protein kinase activity / PKR-mediated signaling / double-stranded RNA binding / regulation of translation / nuclear body / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RISC-loading complex subunit TRBP2 / TRBP2 , first double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , second double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , third double-stranded RNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain ...RISC-loading complex subunit TRBP2 / TRBP2 , first double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , second double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , third double-stranded RNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RISC-loading complex subunit TARBP2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Chen, H.Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structure of arabidopsis HYPONASTIC LEAVES1 and its molecular implications for miRNA processing
著者: Yang, S.W. / Chen, H.Y. / Yang, J. / Machida, S. / Chua, N.H. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2010年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RISC-loading complex subunit TARBP2
B: RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
C: RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3453
ポリマ－16,3453
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.300, 60.425, 99.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RISC-loading complex subunit TARBP2 / TAR RNA-binding protein 2 / Trans-activation-responsive RNA-binding protein


分子量: 9931.413 Da / 分子数: 1 / 断片: DRBM 2 domain, UNP residues 161-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TARBP2, TRBP / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15633
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3206.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic RNA
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: AS, MgSO4, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: 1.1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 8276 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.4 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 54
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Rsym value: 0.293

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DI2

1di2


解像度: 2.2→25.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 13.165 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29836 407 4.7 %RANDOM
Rwork0.26075 ---
obs0.26267 8276 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.367 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.78 Å20 Å20 Å2
2---2.18 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数595 430 0 47 1072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4922.4591556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.152575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.30321.625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.82515115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.155157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02655
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0910.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7981.5391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2282604
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7783942
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4994.5952
LS精密化 シェル解像度: 2.204→2.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 28 -
Rwork0.227 577 -
obs--98.21 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.8972 Å / Origin y: -4.1129 Å / Origin z: 13.0194 Å
111213212223313233
T-0.1095 Å20.0069 Å20.0277 Å2--0.0397 Å2-0.0224 Å2---0.0325 Å2
L0.204 °2-0.1169 °20.5877 °2-2.3836 °2-2.109 °2--4.4069 °2
S0.051 Å °0.2537 Å °-0.1581 Å °-0.1008 Å °-0.1251 Å °-0.1593 Å °0.3051 Å °0.169 Å °0.0742 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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