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- PDB-3ade: Crystal Structure of Keap1 in Complex with Sequestosome-1/p62 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ade
タイトルCrystal Structure of Keap1 in Complex with Sequestosome-1/p62
要素
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
  • Sequestosome-1
キーワードTRANSCRIPTION / BETA-PROPELLER / KELCH MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / brown fat cell proliferation / protein localization to perinuclear region of cytoplasm / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / protein targeting to vacuole involved in autophagy / NF-kB is activated and signals survival / response to mitochondrial depolarisation / aggrephagy ...Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / brown fat cell proliferation / protein localization to perinuclear region of cytoplasm / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / protein targeting to vacuole involved in autophagy / NF-kB is activated and signals survival / response to mitochondrial depolarisation / aggrephagy / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / Lewy body / Interleukin-1 signaling / amphisome / regulation of protein complex stability / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / endosome organization / Ub-specific processing proteases / pexophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / membraneless organelle assembly / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / phagophore assembly site / ubiquitin-modified protein reader activity / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of response to oxidative stress / aggresome / intracellular membraneless organelle / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / negative regulation of ferroptosis / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / temperature homeostasis / autolysosome / immune system process / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / mitophagy / energy homeostasis / sperm midpiece / signaling adaptor activity / inclusion body / negative regulation of protein ubiquitination / ionotropic glutamate receptor binding / positive regulation of autophagy / cellular response to interleukin-4 / SH2 domain binding / protein kinase C binding / autophagosome / protein sequestering activity / sarcomere / response to ischemia / ubiquitin binding / positive regulation of long-term synaptic potentiation / transcription coregulator activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / actin filament / macroautophagy / P-body / protein catabolic process / molecular condensate scaffold activity / PML body / autophagy / centriolar satellite / protein import into nucleus / disordered domain specific binding / late endosome / signaling receptor activity / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / midbody / protein-macromolecule adaptor activity / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / regulation of autophagy / protein ubiquitination / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sequestosome-1, UBA domain / Sequestosome-1, PB1 domain / : / UBA domain / Kelch-type beta propeller / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. ...Sequestosome-1, UBA domain / Sequestosome-1, PB1 domain / : / UBA domain / Kelch-type beta propeller / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Ubiquitin associated domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Kelch-type beta propeller / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sequestosome-1 / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kurokawa, H. / Yamamoto, M.
引用ジャーナル: Nat.Cell Biol. / 年: 2010
タイトル: The selective autophagy substrate p62 activates the stress responsive transcription factor Nrf2 through inactivation of Keap1
著者: Komatsu, M. / Kurokawa, H. / Waguri, S. / Taguchi, K. / Kobayashi, A. / Ichimura, Y. / Sou, Y.S. / Ueno, I. / Sakamoto, A. / Tong, K.I. / Kim, M. / Nishito, Y. / Iemura, S. / Natsume, T. / ...著者: Komatsu, M. / Kurokawa, H. / Waguri, S. / Taguchi, K. / Kobayashi, A. / Ichimura, Y. / Sou, Y.S. / Ueno, I. / Sakamoto, A. / Tong, K.I. / Kim, M. / Nishito, Y. / Iemura, S. / Natsume, T. / Ueno, T. / Kominami, E. / Motohashi, H. / Tanaka, K. / Yamamoto, M.
履歴
登録2010年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Sequestosome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,40211
ポリマ－36,5382
非ポリマー8659
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.962, 102.962, 55.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 35006.277 Da / 分子数: 1 / 断片: Keap1-DC, UNP residues 309-624 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Inrf2, Keap1, Kiaa0132 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODONPLUS (DE3)_RIL / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: タンパク質・ペプチド Sequestosome-1


分子量: 1531.641 Da / 分子数: 1
断片: Keap1 Interacting Region (KIR), UNP residues 346-359
由来タイプ: 合成 / 詳細: Sequestosome-1 peptide / 参照: UniProt: Q64337
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 1.0M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 8442 / Num. obs: 8442 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 58.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 819 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X2J

1x2j


解像度: 2.8→37.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 76209.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 878 10.7 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.178 8195 97.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19.8072 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4 Å20 Å20 Å2
2---5.4 Å20 Å2
3---10.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2272 0 45 37 2354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.182.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 135 10.4 %
Rwork0.237 1161 -
obs--93 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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