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万見
- PDB-3acl: Crystal Structure of Human Pirin in complex with Triphenyl Compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3acl
タイトルCrystal Structure of Human Pirin in complex with Triphenyl Compound
要素Pirin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / cupin / inhibitor / complex / Iron
機能・相同性
機能・相同性情報


Digestion / quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / monocyte differentiation / digestion / transcription coregulator activity / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / nucleoplasm / metal ion binding ...Digestion / quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / monocyte differentiation / digestion / transcription coregulator activity / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pirin, C-terminal domain / Pirin C-terminal cupin domain / Pirin, N-terminal domain / Pirin / Pirin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3F1 / : / Pirin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Okumura, H. / Miyazaki, I. / Simizu, S. / Osada, H.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: A small-molecule inhibitor shows that pirin regulates migration of melanoma cells
著者: Miyazaki, I. / Simizu, S. / Okumura, H. / Takagi, S. / Osada, H.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pirin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4443
ポリマ－32,9881
非ポリマー4552
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.343, 67.415, 107.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pirin


分子量: 32988.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIR / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O00625
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-3F1 / N-{[4-(benzyloxy)phenyl](methyl)-lambda~4~-sulfanylidene}-4-methylbenzenesulfonamide / N-{[4-(benzyloxy)phenyl](methyl)-lambda}-4-methylbenzenesulfonamide


分子量: 399.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21NO3S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 34% PEG 3350, 0.1M PIPES, 0.1M MGCL2, 1.4mM INHIBITOR, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月19日
回折測定詳細: 1.00 degrees, 31.2 sec, detector distance 200.00mm
放射モノクロメーター: Si double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.127 / 数: 13541
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 13554 / Num. obs: 13541 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.803 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 13541

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.39 Å34.02 Å
Translation2.39 Å34.02 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J1L

1j1l


解像度: 2.35→35.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 1297395 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 662 4.9 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 13378 99.8 %-
all-13409 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19.223 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 50.33 Å2 / Biso mean: 19.79 Å2 / Biso min: 1.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→35.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2251 0 28 131 2410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.912.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 -5.3 %
Rwork0.257 2071 -
all-2186 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_pirin.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4DRGCNS_mod.paramDRGCNS_mod.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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