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- PDB-3ab0: Crystal structure of complex of the Bacillus anthracis major spor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ab0
タイトルCrystal structure of complex of the Bacillus anthracis major spore surface protein BclA with ScFv antibody fragment
要素
  • BclA protein
  • antibody ScFv fragment, heavy chain
  • antibody ScFv fragment, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / exosporium / anthrax / TBCLA / scFv complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin production / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin complex / antigen binding / extracellular matrix organization / extracellular matrix / immune response / : / extracellular region
類似検索 - 分子機能
BclA, C-terminal domain / BclA C-terminal domain / Leader peptide, exosporium / : / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Immunoglobulin V-Type ...BclA, C-terminal domain / BclA C-terminal domain / Leader peptide, exosporium / : / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Jelly Rolls / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa chain variable 4-54 / Ig heavy chain V region 914 / BclA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Streltsov, V.A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Isolation, kinetic analysis, and structural characterization of an antibody targeting the Bacillus anthracis major spore surface protein BclA.
著者: Nuttall, S.D. / Wilkins, M.L. / Streltsov, V.A. / Pontes-Braz, L. / Dolezal, O. / Tran, H. / Liu, C.Q.
履歴
登録2009年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BclA protein
B: antibody ScFv fragment, heavy chain
C: antibody ScFv fragment, light chain
D: BclA protein
E: antibody ScFv fragment, heavy chain
F: antibody ScFv fragment, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4636
ポリマ－75,4636
非ポリマー00
水25214
1
A: BclA protein
B: antibody ScFv fragment, heavy chain
C: antibody ScFv fragment, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7313
ポリマ－37,7313
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: BclA protein
E: antibody ScFv fragment, heavy chain
F: antibody ScFv fragment, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7313
ポリマ－37,7313
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9170 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.448, 125.448, 125.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 BclA protein / major spore surface protein BclA


分子量: 13516.480 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 311-445 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: 34F2 (NMRC) / 遺伝子: bclA / プラスミド: PFB45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER(DE3)PLACI / 参照: UniProt: Q83WB0
#2: 抗体 antibody ScFv fragment, heavy chain / A4D11 antibody scFv fragment


分子量: 12806.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: A4D11 / 遺伝子: 35G-5 / プラスミド: pGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P18527*PLUS
#3: 抗体 antibody ScFv fragment, light chain / A4D11 antibody scFv fragment


分子量: 11408.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: A4D11 / 遺伝子: 35G-5 / プラスミド: pGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: J3QMZ0*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細LEU 215 IS FIRST RESIDUE OF LINKER TO THE 6 HIS TAGS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M potassium acetate, 25% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→44.35 Å / Num. obs: 11525 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 3.09→3.2 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0101精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z5W, 1QOK

2z5w

1qok


解像度: 3.09→44.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 36.883 / SU ML: 0.285 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC & TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26471 558 4.6 %RANDOM
Rwork0.19707 ---
obs0.20029 11525 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.946 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.09→44.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5302 0 0 14 5316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225414
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.971.967370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6055712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.48923.667180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.75215846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7621522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1421.53538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.26325700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.26731876
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.4664.51670
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.093→3.173 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 41 -
Rwork0.305 678 -
obs--79.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8579-0.34490.04081.1933-0.31041.49980.06960.00910.1643-0.0315-0.05760.1102-0.0539-0.0945-0.0120.1322-0.02650.060.1331-0.02740.1527-30.931-26.25643.771
20.5334-0.5035-0.91143.81110.16673.2709-0.0209-0.31890.07950.3342-0.00240.09840.01630.28470.02330.1218-0.0310.12260.2848-0.10880.1744-35.837-21.30671.272
31.3816-1.60150.05122.89150.40392.38490.0958-0.10170.32030.10990.15650.0449-0.5515-0.0536-0.25230.3196-0.06210.24760.11140.00240.3356-31.612-3.2459.782
41.74380.69770.27932.1088-0.69122.0146-0.08330.06460.09440.08910.0440.1976-0.1917-0.06420.03930.1273-0.042-0.02750.10980.0330.12-5.099-0.41550.32
53.052-0.18490.6741.8399-0.04783.896-0.050.1859-0.0355-0.4742-0.01840.14430.1509-0.06890.06850.1436-0.0152-0.05170.08520.09450.1599-10.0724.44822.794
63.9584-0.34250.23640.0858-0.22581.50910.13870.31060.4877-0.0285-0.0030.0491-0.0281-0.2383-0.13570.1062-0.0946-0.09670.23660.13870.2999-28.0620.17134.307
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A80 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4D80 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 117
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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