PDB-3aaz: Crystal structure of the humanized recombinant Fab fragment of a ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3aaz

タイトル

Crystal structure of the humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody

要素

(Humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody engineering / humanization / hWO-2 Fab

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Streltsov, V.A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Germline humanization of a murine Abeta antibody and crystal structure of the humanized recombinant Fab fragment.
著者: Robert, R. / Streltsov, V.A. / Newman, J. / Pearce, L.A. / Wark, K.L. / Dolezal, O.

履歴

登録	2009年11月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3aaz.cif.gz	190.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3aaz.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3aaz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/3aaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/3aaz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1um5S 3baeS 8fabS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6o3g-4 3mug-3 6o3g-1 1u91-d 6o3l-2 3mod-d 1u8n-d 6o3l-1 4m7k-d 4yaq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody

B: Humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody

H: Humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody

L: Humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody

100 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody

B: Humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: Humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody

L: Humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.732, 106.732, 90.867
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: 抗体	Humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody 分子量: 24907.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV2-508 / プラスミド: pGC / 発現宿主: Escherichia coli* (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10F
#2: 抗体	Humanized recombinant Fab fragment of a murine; antibody 分子量: 25095.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHJ401 / プラスミド: pGC-Fab / 発現宿主: Escherichia coli* (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10F
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M sodium sulfate, 0.2M lithium citrate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9566 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月25日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9566 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46.03 Å / Num. all: 51677 / Num. obs: 51677 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.511 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2641 / % possible all: 64.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BAE, 1UM5, 8FAB

3bae

1um5

8fab

解像度: 2.2→46.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 19.141 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic & TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27134	2734	5 %	RANDOM
R_work	0.20923	-	-	-
obs	0.21247	51677	92.55 %	-
all	-	51677	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.225 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.29 Å²	2.14 Å²	0 Å²
2-	-	4.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7018	0	0	383	7401

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	7195
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.742	1.958	9802
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.744	5	910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.565	24.093	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.223	15	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.965	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.664	1.5	4561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.199	2	7429
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.1	3	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.077	4.5	2373
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	154	-
R_work	0.297	2641	-
obs	-	-	64.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6152	-1.6034	-0.1767	1.9445	-0.0112	2.0786	0.0961	0.0099	0.0983	-0.1322	-0.0294	-0.1435	-0.1372	0.5704	-0.0667	0.0107	-0.0491	0.0088	0.3321	-0.0347	0.2877	-7.966	49.988	-5.518
2	0.9367	0.8863	0.8716	2.0105	0.087	12.6739	0.1684	-0.1628	0.1519	0.2003	-0.0128	-0.0449	-1.3664	2.0727	-0.1556	0.2282	-0.3836	0.082	0.6762	-0.1679	0.4299	-17.63	64.175	23.006
3	3.4053	-1.7059	-0.5857	2.4907	-0.4126	6.1922	-0.2492	-0.3134	-0.3637	0.4862	0.1769	0.1355	0.391	0.2275	0.0724	0.1468	0.0399	0.0418	0.2641	0.0231	0.361	-3.923	34.476	9.001
4	0.8054	-0.2267	-0.6992	1.6814	1.0972	7.3752	-0.0107	-0.0897	0.02	0.1832	0.0432	0.0627	0.4367	0.3299	-0.0325	0.0774	-0.0947	0.0201	0.3088	-0.0217	0.3156	-25.926	55.786	33.05
5	0.9098	-0.1125	-0.0084	4.0182	-0.2024	1.9216	-0.0403	-0.0586	-0.0763	-0.0016	0.0793	0.141	0.3919	-0.3643	-0.039	0.1825	-0.1443	-0.0162	0.1258	0.0264	0.2657	-39.261	32.328	14.342
6	1.5868	-0.8572	-0.0916	0.8361	0.7856	12.8102	0.0528	0.1792	-0.0295	-0.1843	0.1195	0.1753	1.1955	-2.2073	-0.1723	0.2335	-0.3785	-0.0905	0.6012	0.1275	0.4048	-46.526	47.228	-14.005
7	1.9331	-0.0844	-0.0367	4.8657	-0.0515	5.6411	0.1815	0.3772	-0.0438	-0.5737	-0.2229	-0.416	0.4919	0.1898	0.0414	0.2278	-0.0033	0.0507	0.1415	0.0333	0.3545	-27.824	20.621	-0.149
8	0.5849	0.0485	-0.0302	1.4626	-1.2889	7.5877	0.0709	0.1334	0.0654	-0.0443	-0.0776	-0.0143	0.5538	0.0511	0.0067	0.1941	-0.1362	-0.0194	0.2588	0.0231	0.3228	-35.484	50.498	-24.207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	126 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	1 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	114 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	126 - 228
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 113
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	114 - 229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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