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万見
- PDB-3aay: Crystal structure of probable thiosulfate sulfurtransferase CYSA3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aay
タイトルCrystal structure of probable thiosulfate sulfurtransferase CYSA3 (RV3117) from Mycobacterium tuberculosis: orthorhombic form
要素Putative thiosulfate sulfurtransferase
キーワードTRANSFERASE / M. tuberculosis / sulfurtranserase / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
機能・相同性
機能・相同性情報


thiosulfate sulfurtransferase / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Rhodanese C-terminal signature. / Thiosulphate sulfurtransferase, conserved site / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain ...: / Rhodanese C-terminal signature. / Thiosulphate sulfurtransferase, conserved site / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative thiosulfate sulfurtransferase / Putative thiosulfate sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sankaranarayanan, R. / Witholt, S.J. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / Cherney, L.T. / James, M.N.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of probable thiosulfate sulfurtransferase CysA3 (Rv3117) from Mycobacterium tuberculosis
著者: Sankaranarayanan, R. / Witholt, S.J. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / Cherney, L.T. / James, M.N.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of Rv3117, a probable thiosulfate sulfurtransferase (CysA3) from Mycobacterium tuberculosis
著者: Witholt, S.J. / Sankaranarayanan, R. / Garen, C.R. / Cherney, M.M. / Cherney, L.T. / James, M.N.G.
履歴
登録2009年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative thiosulfate sulfurtransferase
B: Putative thiosulfate sulfurtransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6988
ポリマ－62,1372
非ポリマー5616
水8,251458
1
A: Putative thiosulfate sulfurtransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3494
ポリマ－31,0691
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative thiosulfate sulfurtransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3494
ポリマ－31,0691
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.431, 84.141, 102.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Putative thiosulfate sulfurtransferase / Rhodanese-like protein


分子量: 31068.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: CysA3 / プラスミド: pDEST-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O05793, UniProt: P9WHF9*PLUS, thiosulfate sulfurtransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein Concentration 8 mg/ml in Tris Buffer pH 7.5, Precipitant 0.1M Bis-Tris at pH 5.5, 3% MPD, 5mM sodium thiosulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.976067 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月11日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal; asymetric cut 12.2 degs.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976067 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 47968 / Num. obs: 47968 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4717 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UAR

1uar


解像度: 1.9→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.259 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS THE ELECTRON DENSITY FOR THE RESIDUES 176-180 IN CHAIN A IS NOT RESOLVED. HENCE, THESE RESIDUES WERE NOT MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24187 1486 3.1 %RANDOM
Rwork0.18864 ---
all0.19027 46409 --
obs0.19027 46409 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.376 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å20 Å2
2---1.18 Å20 Å2
3---1.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4346 0 34 458 4838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.9526097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.975546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.1624.081223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43515712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg181532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6991.52736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.324394
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02431753
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3224.51703
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 110 -
Rwork0.222 3349 -
obs--99.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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