- PDB-3a8s: Crystal structure analysis of the fluorescent protein KillerRed -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3a8s
タイトル
Crystal structure analysis of the fluorescent protein KillerRed
要素
KillerRed
キーワード
FLUORESCENT PROTEIN / phototoxicity
機能・相同性
機能・相同性情報
bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy 類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 2.29 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 21805 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 74.5
反射 シェル
解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 13.9 / Num. unique all: 2002 / % possible all: 96.5
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CrystalClear
データ収集
SHELXDE
位相決定
REFMAC
5.5.0066
精密化
HKL-2000
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 14.856 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.594 / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.29818
1062
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.24467
-
-
-
obs
0.24737
19621
94.86 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK