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万見
- PDB-3a8r: The structure of the N-terminal regulatory domain of a plant NADP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a8r
タイトルThe structure of the N-terminal regulatory domain of a plant NADPH oxidase
要素Putative uncharacterized protein
キーワードCALCIUM BINDING PROTEIN (カルシウム結合タンパク質) / EF-hand (EFハンド) / Membrane (生体膜) / Oxidoreductase (酸化還元酵素) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / : / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / : / membrane => GO:0016020 / calcium ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
NADPH oxidase Respiratory burst / Respiratory burst oxidase homologue protein B / Respiratory burst NADPH oxidase / Cytochrome b245, heavy chain / Ferric reductase, NAD binding domain / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component ...NADPH oxidase Respiratory burst / Respiratory burst oxidase homologue protein B / Respiratory burst NADPH oxidase / Cytochrome b245, heavy chain / Ferric reductase, NAD binding domain / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / EFハンド / Recoverin; domain 1 / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Respiratory burst oxidase homolog protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Oda, T. / Hashimoto, H. / Kuwabara, N. / Akashi, S. / Hayashi, K. / Kojima, C. / Wong, H.L. / Kawasaki, T. / Shimamoto, K. / Sato, M. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The structure of the N-terminal regulatory domain of a plant NADPH oxidase and its functional implications
著者: Oda, T. / Hashimoto, H. / Kuwabara, N. / Akashi, S. / Hayashi, K. / Kojima, C. / Wong, H.L. / Kawasaki, T. / Shimamoto, K. / Sato, M. / Shimizu, T.
履歴
登録2009年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年12月17日Group: Other
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8294
ポリマ－39,7492
非ポリマー802
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.418, 72.162, 118.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / RbohB / Os01g0360200 protein / Respiratory burst oxidase protein B


分子量: 19874.568 Da / 分子数: 2 / 断片: EF-hand domain, residues 138-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: B1164G11.26, Os01g0360200, OsJ_01746 / プラスミド: pET32c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: Q5ZAJ0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES-NaOH buffer, pH 7.0 containing 0.6M sodium thiocyanate, 13%(w/v) PEG 8000, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2901
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A20.97915, 0.97931, 0.96411
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年4月9日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年2月19日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal monochromatoreSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979151
30.979311
40.964111
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 21074 / Num. obs: 20590 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 64.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 2072 / Rsym value: 0.234 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
beamline sceduring softwareデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0041精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 17.178 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1047 5.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all0.235 19437 --
obs0.235 19437 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.754 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.46 Å20 Å20 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3---1.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.242 Å0.319 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2619 0 2 77 2698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51.9763550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93834463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6535331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.66625.194129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.60615514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.961518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0460.215181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0370.228664
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Rfactor Rfree error: 0.242 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 61 -
Rwork0.283 1194 -
obs-1255 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5384-0.1124-0.03791.0889-0.29570.6533-0.00050.1845-0.2675-0.25690.0382-0.08810.141-0.1183-0.03770.0758-0.01830.04630.31760.00630.2737-14.7103-7.168913.1868
21.29870.439-0.10211.1054-0.42080.2574-0.05670.04080.134-0.18140.0883-0.09030.0184-0.1375-0.03150.07020.01190.09350.2650.01190.2053-12.801517.803115.9865
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A138 - 303
2X-RAY DIFFRACTION2B138 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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