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万見
- PDB-3a8p: Crystal structure of the Tiam2 PHCCEx domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a8p
タイトルCrystal structure of the Tiam2 PHCCEx domain
要素T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / guanine nucleotide exchange factor / Alternative splicing / Cell projection / Coiled coil / Cytoplasm / Guanine-nucleotide releasing factor / Lipoprotein / Myristate / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


NRAGE signals death through JNK / RAC1 GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / small GTPase-mediated signal transduction / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / filopodium / lamellipodium / growth cone / perikaryon ...NRAGE signals death through JNK / RAC1 GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / small GTPase-mediated signal transduction / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / filopodium / lamellipodium / growth cone / perikaryon / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #680 / TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / : / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Tiam1 second PH domain-like / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. ...Helix Hairpins - #680 / TIAM1, CC-Ex domain / Tiam1/Tiam2/Protein still life / : / T-lymphoma invasion and metastasis CC-Ex domain / Tiam1 second PH domain-like / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Helix Hairpins / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain / Helix non-globular / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Special / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor TIAM2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Terawaki, S. / Kitano, K. / Mori, T. / Zhai, Y. / Higuchi, Y. / Itoh, N. / Watanabe, T. / Kaibuchi, K. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: The PHCCEx domain of Tiam1/2 is a novel protein- and membrane-binding module
著者: Terawaki, S. / Kitano, K. / Mori, T. / Zhai, Y. / Higuchi, Y. / Itoh, N. / Watanabe, T. / Kaibuchi, K. / Hakoshima, T.
履歴
登録2009年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 2
B: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 2
C: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 2
D: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7034
ポリマ－119,7034
非ポリマー00
水6,900383
1
A: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9261
ポリマ－29,9261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9261
ポリマ－29,9261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9261
ポリマ－29,9261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9261
ポリマ－29,9261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.690, 104.790, 115.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 80.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 2 / TIAM-2 / SIF and TIAM1-like exchange factor


分子量: 29925.717 Da / 分子数: 4 / 断片: PHCCEx domain, residues 500-757 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tiam2, Kiaa2016, Stef / プラスミド: pGEX6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21RIL / 参照: UniProt: Q6ZPF3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 8000, 100mM Tris-HCl, 200mM Magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月25日
放射モノクロメーター: rotated-inclined double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 64571 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 80.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A8Q

3a8q


解像度: 2.1→29.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1845113.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 6404 10.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 63378 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.7651 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.24 Å20 Å2-5.28 Å2
2---8.9 Å20 Å2
3----2.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7371 0 0 383 7754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 1001 10.1 %
Rwork0.284 8957 -
obs--93.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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