[日本語] English
万見
- PDB-3a71: High resolution structure of Penicillium chrysogenum alpha-L-arab... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a71
タイトルHigh resolution structure of Penicillium chrysogenum alpha-L-arabinanase
要素Exo-arabinanase
キーワードHYDROLASE / ARABINASE / GLYCOSYL HYDROLASE
機能・相同性Neuraminidase - #10 / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta / ACETATE ION / Exo-arabinanase
機能・相同性情報
生物種Penicillium chrysogenum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Sogabe, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: High-resolution structure of exo-arabinanase from Penicillium chrysogenum
著者: Sogabe, Y. / Kitatani, T. / Yamaguchi, A. / Kinoshita, T. / Adachi, H. / Takano, K. / Inoue, T. / Mori, Y. / Matsumura, H. / Sakamoto, T. / Tada, T.
履歴
登録2009年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Exo-arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7735
ポリマ－39,3601
非ポリマー4144
水9,674537
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.877, 77.248, 79.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Exo-arabinanase / EXO-1 / 5-ALPHA-L-ARABINANASE


分子量: 39359.625 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 24-378 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium chrysogenum (菌類) / 株: 31B / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS
参照: UniProt: Q7ZA77, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化温度: 277 K / pH: 4.5
詳細: 28% MPD, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9792, 0.9794, 0.9700
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月13日
放射モノクロメーター: ROTATED-INCLINED DOUBLE-CRYSTAL MO
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
30.971
反射解像度: 1.14→10 Å / Num. obs: 149407 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.14→1.18 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.14→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / Num. parameters: 30027 / Num. restraintsaints: 36027 / SU B: 0.338 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1283 7459 5.267 %RANDOM
obs0.1067 141611 94.7 %-
all-141611 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 2652 / Occupancy sum non hydrogen: 3336
FreeObs
Luzzati coordinate error0.017 Å0.029 Å
Luzzati sigma a0.338 Å0.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.14→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2771 0 28 537 3336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0336
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.094
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.087
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.133
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.095
LS精密化 シェル解像度: 1.14→1.17 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 572 -
Rwork0.194 10193 -
obs--98.11 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る