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万見
- PDB-3a5r: Benzalacetone synthase from Rheum palmatum complexed with 4-couma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a5r
タイトルBenzalacetone synthase from Rheum palmatum complexed with 4-coumaroyl-primed monoketide intermediate
要素Benzalacetone synthase
キーワードTRANSFERASE / benzalacetone synthase / chalcone synthase / type III polyketide synthase / Acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


benzalacetone synthase / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Polyketide synthase BAS
類似検索 - 構成要素
生物種Rheum palmatum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Morita, H. / Kato, R. / Abe, I. / Sugio, S. / Kohno, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: A structure-based mechanism for benzalacetone synthase from Rheum palmatum
著者: Morita, H. / Shimokawa, Y. / Tanio, M. / Kato, R. / Noguchi, H. / Sugio, S. / Kohno, T. / Abe, I.
履歴
登録2009年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月27日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzalacetone synthase
B: Benzalacetone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3004
ポリマ－84,9722
非ポリマー3282
水9,980554
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area26420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.622, 89.847, 81.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Benzalacetone synthase


分子量: 42485.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rheum palmatum (植物) / 遺伝子: bas / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q94FV7
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 16% PEG8000, 0.1M sodium citrate, 0.15M potassium thiocyanate, Socking: 16% PEG8000, 0.1M sodium citrate, 0.15M potassium thiocyanate, 2mM 4-coumaroyl-CoA, pH5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: 16% PEG8000, 0.1M sodium citrate, 0.15M potassium thiocyanate, Socking: 16% PEG8000, 0.1M sodium citrate, 0.15M potassium thiocyanate, 2mM 4-coumaroyl-CoA, pH5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, socking, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.82656 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月29日
放射モノクロメーター: bending magnet / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82656 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 100874 / Num. obs: 100874 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Num. unique all: 10022 / Rsym value: 0.229 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A5Q

3a5q


解像度: 1.6→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 5108 -RANDOM
Rwork0.195 ---
all0.197 100844 --
obs0.197 100844 99.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5796 0 22 554 6372

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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