[日本語] English
万見
- PDB-3a58: Crystal structure of Sec3p - Rho1p complex from Saccharomyces cer... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a58
タイトルCrystal structure of Sec3p - Rho1p complex from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • Exocyst complex component SEC3
  • GTP-binding protein RHO1
キーワードPROTEIN TRANSPORT/EXOCYTOSIS / protein complex / PH domain / GTPase / membrane traffic / Exocytosis / Phosphoprotein / Protein transport / Transport / Cell membrane / Endosome / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Nucleotide-binding / Peroxisome / Prenylation / PROTEIN TRANSPORT-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell wall (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / regulation of secondary cell septum biogenesis / PI3K/AKT activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / RHO GTPases activate PKNs / : / cellular bud neck septin ring organization / G alpha (12/13) signalling events / regulation of exocyst localization / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring assembly ...regulation of cell wall (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / regulation of secondary cell septum biogenesis / PI3K/AKT activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / RHO GTPases activate PKNs / : / cellular bud neck septin ring organization / G alpha (12/13) signalling events / regulation of exocyst localization / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring assembly / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / exocyst assembly / exocyst localization / regulation of fungal-type cell wall organization / budding cell bud growth / endoplasmic reticulum inheritance / : / exocyst / cellular bud / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / prospore membrane / positive regulation of protein kinase C signaling / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cortical cytoskeleton organization / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / peroxisomal membrane / fungal-type vacuole membrane / regulation of cell size / small GTPase-mediated signal transduction / exocytosis / positive regulation of endocytosis / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cell projection / cell periphery / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament organization / small GTPase binding / regulation of protein localization / G-protein beta-subunit binding / protein transport / peroxisome / regulation of cell shape / cell cortex / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / mitochondrial outer membrane / cytoskeleton / endosome membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PH-domain like - #90 / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, PIP2-binding N-terminal domain / : / Exocyst complex component Sec3, coiled-coil / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. ...PH-domain like - #90 / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, PIP2-binding N-terminal domain / : / Exocyst complex component Sec3, coiled-coil / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / PH-domain like / Small GTPase / Ras family / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / PHOSPHATE ION / GTP-binding protein RHO1 / Exocyst complex component SEC3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yamashita, M. / Sato, Y. / Yamagata, A. / Mimura, H. / Yoshikawa, A. / Fukai, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the Rho- and phosphoinositide-dependent localization of the exocyst subunit Sec3
著者: Yamashita, M. / Kurokawa, K. / Sato, Y. / Yamagata, A. / Mimura, H. / Yoshikawa, A. / Sato, K. / Nakano, A. / Fukai, S.
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Exocyst complex component SEC3
B: GTP-binding protein RHO1
C: Exocyst complex component SEC3
D: GTP-binding protein RHO1
E: Exocyst complex component SEC3
F: GTP-binding protein RHO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,40419
ポリマ－171,1006
非ポリマー2,30413
水1,76598
1
A: Exocyst complex component SEC3
B: GTP-binding protein RHO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8657
ポリマ－57,0332
非ポリマー8315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
2
C: Exocyst complex component SEC3
D: GTP-binding protein RHO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8657
ポリマ－57,0332
非ポリマー8315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
3
E: Exocyst complex component SEC3
F: GTP-binding protein RHO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6755
ポリマ－57,0332
非ポリマー6413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.000, 116.054, 247.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Exocyst complex component SEC3 / Sec3p / Protein PSL1


分子量: 36266.977 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-320 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC3, PSL1, YER008C / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P33332
#2: タンパク質 GTP-binding protein RHO1 / Rho1p / Rho-type GTPase 1


分子量: 20766.385 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-188 / Mutation: F30N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RHO1, YPR165W, P9325.3 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P06780

-
非ポリマー , 4種, 111分子

#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM HEPES-Na (pH6.5), 100mM NaCl, 1.4M ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月20日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 52847 / Num. obs: 52847 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→47.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 249257.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2662 5 %RANDOM
Rwork0.234 50076 --
obs0.235 52738 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.93 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147.93 Å2 / Biso mean: 70.578 Å2 / Biso min: 22.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.751 Å20 Å20 Å2
2---5.756 Å20 Å2
3---11.507 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8560 0 134 98 8792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8752
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 455 5.3 %
Rwork0.327 8195 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3gnp.paramgnp.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る