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- PDB-3a4p: human c-MET kinase domain complexed with 6-benzyloxyquinoline inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a4p
タイトルhuman c-MET kinase domain complexed with 6-benzyloxyquinoline inhibitor
要素Hepatocyte growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / C-MET / TYROSINE-PROTEIN KINASE / HEPATOCYTE GROWTH FACTOR RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development ...negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of autophagy / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / liver development / molecular function activator activity / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / basal plasma membrane / excitatory postsynaptic potential / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / Negative regulation of MET activity / receptor protein-tyrosine kinase / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / postsynapse / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin E-set / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DFQ / ISOPROPYL ALCOHOL / Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Fukami, T.A. / Kadono, S. / Yamamuro, M. / Matsuura, T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Discovery of 6-benzyloxyquinolines as c-Met selective kinase inhibitors
著者: Nishii, H. / Chiba, T. / Morikami, K. / Fukami, T.A. / Sakamoto, H. / Ko, K. / Koyano, H.
履歴
登録2009年7月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5635
ポリマ－35,9881
非ポリマー5754
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.227, 42.733, 46.039
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / HGF receptor / Scatter factor receptor / SF receptor / HGF/SF receptor / Met proto-oncogene ...HGF receptor / Scatter factor receptor / SF receptor / HGF/SF receptor / Met proto-oncogene tyrosine kinase / c-Met


分子量: 35987.691 Da / 分子数: 1 / 断片: tyrosine kinase domain, residues in UNP 1049-1360 / 変異: Y1194F,Y1234F,Y1235D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08581, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-DFQ / (2E)-3-{6-[(1R)-1-(2,6-dichloro-3-fluorophenyl)ethoxy]quinolin-3-yl}-N-methylprop-2-enamide / (E)-3-{6-[(1R)-1-(2,6-dichloro-3-fluoro-phenyl)-ethoxy]-quinolin-3-yl}-n-methyl-acrylamide


分子量: 419.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17Cl2FN2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 14%(w/v) PEG MME 5000, 5%(v/v) isopropanol, 12%(v/v) MPD, 0.1M Tris-Cl, 15%(v/v) Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→76.696 Å / Num. obs: 10051 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rsym value: 0.146
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.54-2.613.50.651.225977350.65100
2.61-2.683.50.5491.424927090.54999.9
2.68-2.763.60.4651.624736930.465100
2.76-2.843.50.4191.923936820.419100
2.84-2.933.50.352.222356350.35100
2.93-3.043.50.2942.623226700.294100
3.04-3.153.50.2353.321236020.235100
3.15-3.283.50.1973.921596160.19799.8
3.28-3.423.50.1674.518445300.167100
3.42-3.593.40.1295.819305610.129100
3.59-3.793.50.1225.917805130.12299.8
3.79-4.023.40.1717064960.1100
4.02-4.293.40.0828.415684640.08299.5
4.29-4.643.40.0818.114624340.081100
4.64-5.083.30.0749.313133940.074100
5.08-5.683.10.0748.811353690.07499.7
5.68-6.563.30.0877.410693230.087100
6.56-8.033.50.0787.79722780.078100
8.03-11.363.40.0669.17512190.066100
11.36-76.73.10.0629.44011280.06299.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.59 Å76.64 Å
Translation2.59 Å76.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1R1W

1r1w


解像度: 2.54→44.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 18.372 / SU ML: 0.191 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.512 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 484 4.8 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.186 ---
obs-10048 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.394 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å20 Å20.37 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→44.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2256 0 37 41 2334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8131.9723181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.625282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25623.36798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.28615394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8351512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7911.51419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46822299
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3943929
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7154.5882
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.606 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 38 -
Rwork0.249 693 -
obs-731 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7802-0.716-1.08572.7157-1.08325.15180.04210.1946-0.01140.2317-0.1198-0.8191-0.19721.57680.07770.35970.0065-0.02390.626-0.05890.4019-10.6548-26.03057.1818
22.8905-0.611-0.1033.55110.93392.5749-0.07810.180.2564-0.23960.129-0.3195-0.22060.2043-0.05090.0627-0.0237-0.00020.04410.00460.0478-32.85-13.413115.8317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1063 - 1161
2X-RAY DIFFRACTION2A1162 - 1360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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