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- PDB-3a4m: Crystal structure of archaeal O-phosphoseryl-tRNA(Sec) kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a4m
タイトルCrystal structure of archaeal O-phosphoseryl-tRNA(Sec) kinase
要素L-seryl-tRNA(Sec) kinase
キーワードTRANSFERASE / P-LOOP MOTIF / WALKER A MOTIF / ATP BINDING MOTIF / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


O-phosphoseryl-tRNASec kinase / L-seryl-tRNA(Sec) kinase activity / conversion of seryl-tRNAsec to selenocys-tRNAsec / tRNA wobble uridine modification / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #40 / L-seryl-tRNA(Sec) kinase, archaea / : / Protein KTI12/L-seryl-tRNA(Sec) kinase / Chromatin associated protein KTI12 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #40 / L-seryl-tRNA(Sec) kinase, archaea / : / Protein KTI12/L-seryl-tRNA(Sec) kinase / Chromatin associated protein KTI12 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IODIDE ION / L-seryl-tRNA(Sec) kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.792 Å
データ登録者Araiso, Y. / Ishitani, R. / Soll, D. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of a tRNA-dependent kinase essential for selenocysteine decoding
著者: Araiso, Y. / Sherrer, R.L. / Ishitani, R. / Ho, J.M.L. / Soll, D. / Nureki, O.
履歴
登録2009年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-seryl-tRNA(Sec) kinase
B: L-seryl-tRNA(Sec) kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,42312
ポリマ－62,0182
非ポリマー1,40510
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.156, 74.524, 64.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L-seryl-tRNA(Sec) kinase / O-phosphoseryl-tRNA(Sec) kinase / PSTK


分子量: 31009.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: K-12 / 遺伝子: MJ1538 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q58933, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

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非ポリマー , 5種, 275分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 10mM HEPES-NaOH, 250mM KI and 21% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.9791, 0.9794, 0.9642
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2008年12月15日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年10月19日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97911
30.97941
40.96421
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 47081 / Biso Wilson estimate: 22.67 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.792→46.498 Å / FOM work R set: 0.837 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 24.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 2351 5 %
Rwork0.2092 --
obs0.2114 47054 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.894 Å2 / ksol: 0.403 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.458 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.863 Å2-0 Å22.822 Å2
2--2.43 Å2-0 Å2
3---2.433 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.792→46.498 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3981 0 74 265 4320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0234115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9265512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0691622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.139614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009665
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7917-1.82830.28611280.24522272X-RAY DIFFRACTION85
1.8283-1.86810.30871290.23962564X-RAY DIFFRACTION96
1.8681-1.91150.27051300.22172602X-RAY DIFFRACTION98
1.9115-1.95930.26851390.20162603X-RAY DIFFRACTION99
1.9593-2.01230.24871540.19192669X-RAY DIFFRACTION99
2.0123-2.07150.24571270.18642632X-RAY DIFFRACTION99
2.0715-2.13840.24621510.18962633X-RAY DIFFRACTION100
2.1384-2.21480.25611410.19342627X-RAY DIFFRACTION99
2.2148-2.30350.27171310.19882687X-RAY DIFFRACTION99
2.3035-2.40830.30051450.20082658X-RAY DIFFRACTION100
2.4083-2.53530.24971360.20342659X-RAY DIFFRACTION100
2.5353-2.69410.26411420.21332635X-RAY DIFFRACTION100
2.6941-2.90210.28071340.21082676X-RAY DIFFRACTION100
2.9021-3.19410.27571420.21862684X-RAY DIFFRACTION100
3.1941-3.65610.2151410.19852688X-RAY DIFFRACTION100
3.6561-4.60570.21091320.1812691X-RAY DIFFRACTION100
4.6057-46.51380.23091490.2292723X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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