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万見
- PDB-3a2b: Crystal Structure of Serine Palmitoyltransferase from Sphingobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a2b
タイトルCrystal Structure of Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum with substrate L-serine
要素Serine palmitoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / vitamin B6-dependent enzyme Fold type I / Acyltransferase / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


8-amino-7-oxononanoate synthase activity / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingolipid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...: / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / SERINE / Serine palmitoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobacterium multivorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Okamoto, A. / Hoseki, J.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2009
タイトル: Structural Insights into the Enzymatic Mechanism of Serine Palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum
著者: Ikushiro, H. / Islam, M.M. / Okamoto, A. / Hoseki, J. / Murakawa, T. / Fujii, S. / Miyahara, I. / Hayashi, H.
履歴
登録2009年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 750TURN DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine palmitoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0443
ポリマ－43,6921
非ポリマー3522
水5,134285
1
A: Serine palmitoyltransferase
ヘテロ分子

A: Serine palmitoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0886
ポリマ－87,3832
非ポリマー7044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area9900 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.670, 61.670, 207.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-637-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine palmitoyltransferase


分子量: 43691.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobacterium multivorum (バクテリア)
株: GTC97 / 遺伝子: spt / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(pLysS) / 参照: UniProt: A7BFV6, serine C-palmitoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 21.6%W/V PEG 4000, 0.2M Sodium acetate, 0.1M Tris-HCl buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→58.722 Å / Num. all: 19738 / Num. obs: 18611 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 1.81 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 30.35
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.85 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 16.43 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FC4

1fc4


解像度: 2.3→19.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2225645.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: CNS bulk solvent model used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 951 5.1 %random
Rwork0.211 ---
all-18667 --
obs-18598 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.5691 Å2 / ksol: 0.303489 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.57 Å20 Å20 Å2
2--5.57 Å20 Å2
3----11.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3019 0 22 285 3326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.942.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3-2.40.29311450.23628380.027221098.8
2.4-2.530.3721150.2430.035228999.8
2.53-2.690.2981010.230.03229599.9
2.69-2.90.2771310.2120.0242289100
2.9-3.190.2971180.2190.0272314100
3.19-3.650.2661290.1970.023234799.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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