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万見
- PDB-3a2a: The structure of the carboxyl-terminal domain of the human voltag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a2a
タイトルThe structure of the carboxyl-terminal domain of the human voltage-gated proton channel Hv1
要素Voltage-gated hydrogen channel 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / voltage-gated proton channel / Alternative splicing / Coiled coil / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Transmembrane / Transport / Voltage-gated channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Sperm Motility And Taxes / voltage-gated proton channel activity / regulation of acrosome reaction / cellular response to pH / ROS and RNS production in phagocytes / response to pH / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / voltage-gated monoatomic cation channel activity / response to zinc ion / cellular response to zinc ion ...Sperm Motility And Taxes / voltage-gated proton channel activity / regulation of acrosome reaction / cellular response to pH / ROS and RNS production in phagocytes / response to pH / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / voltage-gated monoatomic cation channel activity / response to zinc ion / cellular response to zinc ion / monoatomic ion channel complex / single fertilization / sperm flagellum / specific granule membrane / proton transmembrane transport / cell redox homeostasis / secretory granule membrane / regulation of intracellular pH / phagocytic vesicle membrane / apical plasma membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated hydrogen channel 1, C-terminal membrane-localisation domain / Voltage-gated hydrogen channel 1 / C-terminal membrane-localisation domain of ion-channel, VCN1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ion transport domain / Ion transport protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-gated hydrogen channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, S.J. / Unno, H. / Zhou, Q. / Zhao, Q. / Zhai, Y. / Sun, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The role and structure of the carboxyl-terminal domain of the human voltage-gated proton channel Hv1.
著者: Li, S.J. / Zhao, Q. / Zhou, Q. / Unno, H. / Zhai, Y. / Sun, F.
履歴
登録2009年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated hydrogen channel 1
B: Voltage-gated hydrogen channel 1
C: Voltage-gated hydrogen channel 1
D: Voltage-gated hydrogen channel 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9066
ポリマ－26,8354
非ポリマー712
水1,22568
1
A: Voltage-gated hydrogen channel 1
B: Voltage-gated hydrogen channel 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4533
ポリマ－13,4182
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area6620 Å2
手法PISA
2
C: Voltage-gated hydrogen channel 1
D: Voltage-gated hydrogen channel 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4533
ポリマ－13,4182
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area6620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.650, 37.650, 137.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
Voltage-gated hydrogen channel 1 / Hydrogen voltage-gated channel 1 / HV1 / Voltage sensor domain-only protein


分子量: 6708.771 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 221-273 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96D96
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 3.2M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.65 Å / Num. obs: 12915 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 43.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→37.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.684 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26621 630 4.9 %RANDOM
Rwork0.25191 ---
obs0.25259 12236 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.952 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.47 Å20 Å20 Å2
2--3.47 Å20 Å2
3----6.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1396 0 2 68 1466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0211406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3141.9751864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.0945160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.99724.580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.39515328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6761516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6331.5816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.72921304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6513590
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.2084.5560
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 50 -
Rwork0.27 930 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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