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- PDB-3a1v: Crystal structue of the cytosolic domain of T. maritima FeoB iron... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a1v
タイトルCrystal structue of the cytosolic domain of T. maritima FeoB iron iransporter in apo form
要素Iron(II) transport protein B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / FeoB / iron transporter / small GTPase / G protein / GDI
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / GTP binding domain / Small GTP-binding protein domain / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferrous iron transport protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hattori, M. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural basis of novel interactions between the small-GTPase and GDI-like domains in prokaryotic FeoB iron transporter
著者: Hattori, M. / Jin, Y. / Nishimasu, H. / Tanaka, Y. / Mochizuki, M. / Uchiumi, T. / Ishitani, R. / Ito, K. / Nureki, O.
履歴
登録2009年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron(II) transport protein B
B: Iron(II) transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2478
ポリマ－58,4622
非ポリマー7856
水2,342130
1
A: Iron(II) transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6834
ポリマ－29,2311
非ポリマー4533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Iron(II) transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5634
ポリマ－29,2311
非ポリマー3323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.426, 81.556, 128.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Iron(II) transport protein B


分子量: 29230.844 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 17-269 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0051 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9WXQ8

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非ポリマー , 5種, 136分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 62-64% MPD, 0.1M HEPES, pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU
検出器日付: 2008年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 23720

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A1S

3a1s


解像度: 2.4→42.797 Å / SU ML: 1.59 / σ(F): 0.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1184 4.99 %
Rwork0.203 --
obs0.2049 23720 52.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 82.005 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3770 0 49 130 3949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6645267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6411374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003659
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.50920.2721300.21412499X-RAY DIFFRACTION89
2.5092-2.64150.2491440.2132741X-RAY DIFFRACTION97
2.6415-2.8070.23811480.20912821X-RAY DIFFRACTION99
2.807-3.02370.24211500.20542859X-RAY DIFFRACTION100
3.0237-3.32780.24811490.2112834X-RAY DIFFRACTION100
3.3278-3.80910.24991520.19192876X-RAY DIFFRACTION100
3.8091-4.79810.19131520.17072892X-RAY DIFFRACTION99
4.7981-42.80370.26221590.21883014X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined1.7283-1.91610.56083.5964-0.23321.04450.11820.0337-0.1237-0.1176-0.0640.37710.1023-0.0165-0.05050.1836-0.0140.00170.2646-0.04630.3029-27.672-34.0914-25.0686
21.086-1.1912-0.19890.84581.93012.34270.41560.19540.2914-0.36350.10550.1756-1.05040.2636-0.25680.46910.04910.0220.64070.02250.4786
30.3335-0.6130.40730.3578-1.51921.69040.31550.0588-1.021-0.20510.43530.58220.36810.1213-0.40420.4169-0.0096-0.03510.2693-0.10850.5982
40.5593-0.7629-0.37361.0188-0.75060.86780.06960.10560.0797-0.1311-0.2084-0.56870.17310.42250.03320.29920.05160.07190.3558-0.03730.4745
52.3515-2.32530.62463.5712-0.35021.137-0.3753-0.35790.60740.94430.1827-0.5502-0.250.0520.10610.34680.0087-0.01490.3326-0.10490.4014
62.24420.38040.01691.7309-0.05330.9447-0.53110.44720.1024-0.97760.6582-0.30170.1692-0.2383-0.02710.8452-0.38220.18650.4781-0.04680.188
70.45270.12930.22230.39990.13750.1662-0.37061.08250.4659-1.26720.4363-0.1846-0.2028-0.0641-0.03911.5981-0.39830.20811.17680.14570.8073
80.51240.1046-0.55840.4639-0.00490.03720.4450.44170.1868-0.2590.08030.14540.02290.7478-0.51641.2772-0.4098-0.29011.10920.01020.5787
91.31390.60070.3310.5710.3890.3946-0.53210.08340.9263-0.21040.43141.1634-0.2604-0.16110.16070.4887-0.0656-0.34360.42040.12340.7386
100.90750.5795-0.37240.6581-0.3116-0.0654-0.7270.7798-0.6471-1.40070.55140.59830.1172-0.0353-0.08841.0589-0.4001-0.18640.7462-0.0890.3359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A 1-159
2X-RAY DIFFRACTION2chain A 160-178
3X-RAY DIFFRACTION3chain A 179-191
4X-RAY DIFFRACTION4chain A 192-240
5X-RAY DIFFRACTION5chain A 240-266
6X-RAY DIFFRACTION6chain B 1-159
7X-RAY DIFFRACTION7chain B 160-178
8X-RAY DIFFRACTION8chain B 179-191
9X-RAY DIFFRACTION9chain B 192-240
10X-RAY DIFFRACTION10chain B 240-266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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