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万見
- PDB-3a1p: Structure of Ribosome maturation protein RimM and Ribosomal prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a1p
タイトルStructure of Ribosome maturation protein RimM and Ribosomal protein S19
要素
  • 30S ribosomal protein S19
  • Ribosome maturation factor rimM
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / RimM N-terminal domain / PRC-barrel domain / beta barrels / ribosome / 30S ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 16S rRNA processing / rRNA binding / protein-protein complex / Chaperone / Cytoplasm / Ribonucleoprotein / RNA-binding / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA processing / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RimM / PRC-barrel domain / RimM, N-terminal / 16S rRNA processing protein RimM / RimM, N-terminal domain superfamily / RimM N-terminal domain / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain ...RimM / PRC-barrel domain / RimM, N-terminal / 16S rRNA processing protein RimM / RimM, N-terminal domain superfamily / RimM N-terminal domain / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / PRC-barrel-like superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / SH3 type barrels. / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Roll / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS19 / Ribosome maturation factor RimM
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kaminishi, T. / Takemoto, C. / Tatsuguchi, A. / Kawazoe, M. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Ribosome maturation protein RimM and Ribosomal protein S19
著者: Kaminishi, T. / Takemoto, C. / Tatsuguchi, A. / Kawazoe, M. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2009年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome maturation factor rimM
B: 30S ribosomal protein S19
C: Ribosome maturation factor rimM
D: 30S ribosomal protein S19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4005
ポリマ－57,4004
非ポリマー01
水7,314406
1
A: Ribosome maturation factor rimM
B: 30S ribosomal protein S19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7002
ポリマ－28,7002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
2
C: Ribosome maturation factor rimM
D: 30S ribosomal protein S19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7003
ポリマ－28,7002
非ポリマー01
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.397, 67.491, 62.002
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribosome maturation factor rimM


分子量: 18094.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: rimM / プラスミド: pET-11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SJH5
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: rpsS / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SHP2
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate, 0.2M sodium acetate trihydrate, 30%[w/v] polyethylene glycol 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月14日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, direct water cooling using micro-channel (1st crystal), indirect water cooling (2nd crystal).
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20948 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.108 / Χ2: 1.095 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2079 / Rsym value: 0.654 / Χ2: 0.958 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO / Packing: 0
最高解像度最低解像度
Rotation2.51 Å45.57 Å
Translation2.51 Å45.57 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DYI AND 2E5L FOR RIMM AND RIBOSOMAL PROTEIN S19, RESPECTIVELY.

2dyi

2e5l


解像度: 2.3→45.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / FOM work R set: 0.822 / Data cutoff high absF: 1024030.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1076 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs-20934 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.407 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å2-3.32 Å2
2--2.05 Å20 Å2
3----1.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3910 0 1 406 4317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.312.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 105 5.5 %
Rwork0.27 1801 -
all-1906 -
obs--91.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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