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- PDB-3a1n: Crystal structure of L-Threonine dehydrogenase from Hyperthermoph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a1n
タイトルCrystal structure of L-Threonine dehydrogenase from Hyperthermophilic Archaeon Thermoplasma volcanium
要素NDP-sugar epimerase
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-threonine dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonine 3-dehydrogenase activity / L-threonine catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NDP-sugar epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma volcanium (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Yoneda, K. / Sakuraba, H. / Ohshima, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Binary and Ternary Complexes of Archaeal UDP-galactose 4-Epimerase-like L-Threonine Dehydrogenase from Thermoplasma volcanium.
著者: Yoneda, K. / Sakuraba, H. / Araki, T. / Ohshima, T.
履歴
登録2009年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NDP-sugar epimerase
B: NDP-sugar epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1034
ポリマ－71,7762
非ポリマー1,3272
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.759, 45.618, 89.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-437-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NDP-sugar epimerase / L-threonine dehydrogenase


分子量: 35887.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97BK3, L-threonine 3-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 48% MPD, 0.1M Cacodylate (pH6.8), 5% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→81.9 Å / Num. obs: 33993 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 36.8
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YY7

2yy7


解像度: 2.07→30.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3073719.82 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 3382 10 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs-33896 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.9906 Å2 / ksol: 0.32957 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å21.09 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→30.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4984 0 88 258 5330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.3333
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.544.5
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 541 9.9 %
Rwork0.261 4912 -
obs--97.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4nad.paramnad.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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