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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a1n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of L-Threonine dehydrogenase from Hyperthermophilic Archaeon Thermoplasma volcanium | ||||||
要素 | NDP-sugar epimerase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / L-threonine dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoplasma volcanium (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å | ||||||
データ登録者 | Yoneda, K. / Sakuraba, H. / Ohshima, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Crystal Structure of Binary and Ternary Complexes of Archaeal UDP-galactose 4-Epimerase-like L-Threonine Dehydrogenase from Thermoplasma volcanium. 著者: Yoneda, K. / Sakuraba, H. / Araki, T. / Ohshima, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a1n.cif.gz | 140.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3a1n.ent.gz | 109.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a1n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3a1n_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3a1n_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3a1n_validation.xml.gz | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3a1n_validation.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a1n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35887.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97BK3, L-threonine 3-dehydrogenase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 48% MPD, 0.1M Cacodylate (pH6.8), 5% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→81.9 Å / Num. obs: 33993 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 36.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.11 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2YY7 解像度: 2.07→30.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3073719.82 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.9906 Å2 / ksol: 0.32957 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.07→30.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.07→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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