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万見
- PDB-3a1f: The crystal structure of NADPH binding domain of gp91(phox) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a1f
タイトルThe crystal structure of NADPH binding domain of gp91(phox)
要素Cytochrome b-245 heavy chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / gp91(phox) / NADPH binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide-generating NADPH oxidase activity / 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 / cellular response to L-glutamine / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / perinuclear endoplasmic reticulum / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / respiratory burst / ROS and RNS production in phagocytes ...superoxide-generating NADPH oxidase activity / 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 / cellular response to L-glutamine / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / perinuclear endoplasmic reticulum / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / respiratory burst / ROS and RNS production in phagocytes / cellular response to ethanol / response to angiotensin / hydrogen peroxide biosynthetic process / superoxide anion generation / superoxide metabolic process / cellular response to cadmium ion / response to aldosterone / Detoxification of Reactive Oxygen Species / tertiary granule membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / monoatomic ion channel complex / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / NADPH binding / specific granule membrane / RAC1 GTPase cycle / response to nutrient / FAD binding / defense response / VEGFA-VEGFR2 Pathway / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / nuclear envelope / flavin adenine dinucleotide binding / monoatomic ion transmembrane transport / inflammatory response / protein heterodimerization activity / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / neuronal cell body / heme binding / dendrite / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b245, heavy chain / Ferric reductase, NAD binding domain / : / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type ...Cytochrome b245, heavy chain / Ferric reductase, NAD binding domain / : / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / NADPH oxidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Honbou, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of NADPH binding domain of gp91(phox)
著者: Honbou, K. / Noda, N.N. / Sumimoto, H. / Inagaki, F.
履歴
登録2009年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b-245 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5908
ポリマ－21,1791
非ポリマー4117
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.022, 60.022, 90.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-191-

NI

21A-249-

HOH

31A-250-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome b-245 heavy chain / p22 phagocyte B-cytochrome / Neutrophil cytochrome b 91 kDa NADPH binding domain of human gp91(phox) ...p22 phagocyte B-cytochrome / Neutrophil cytochrome b 91 kDa NADPH binding domain of human gp91(phox) / polypeptide / Heme-binding membrane glycoprotein gp91phox / CGD91-phox / gp91-phox / gp91-1 / Cytochrome b(558) subunit beta / Cytochrome b558 subunit beta / Superoxide-generating NADPH oxidase heavy chain subunit / NADPH oxidase 2


分子量: 21178.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 385-570 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04839
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 12% PEG 3350, 0.1M sodium acetate pH 5.6, 0.4M NiCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 13234 / Num. obs: 13234 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→28.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 202908.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1331 10.4 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 12857 97.3 %-
all-12857 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.4501 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.54 Å20 Å20 Å2
2---3.54 Å20 Å2
3---7.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1277 0 7 72 1356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.972.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 215 10.6 %
Rwork0.276 1808 -
obs--94.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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