PDB-3a1e: Crystal structure of the P- and N-domains of His462Gln mutant Cop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3a1e

タイトル

Crystal structure of the P- and N-domains of His462Gln mutant CopA, a copper-transporting P-type ATPase, bound with AMPPCP-Mg

要素

Probable copper-exporting P-type ATPase A

キーワード

HYDROLASE / P-type ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / copper ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Tsuda, T. / Toyoshima, C.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Nucleotide recognition by CopA, a Cu+-transporting P-type ATPase.
著者: Tsuda, T. / Toyoshima, C.

履歴

登録	2009年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3a1e.cif.gz	122.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3a1e.ent.gz	94 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3a1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3a1e_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3a1e_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3a1e_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	3a1e_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3a1cSC 3a1dC 2arf 2b8e 2iye S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a1d-d 3a1c-d 4xfq-d 5reg-1 7dpv-1 6w81-d 5bop-d 7ar6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (10) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (8) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (10)
#51 - 2004年3月
カルシウムポンプ (Calcium Pump)
類似性 (8)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable copper-exporting P-type ATPase A

B: Probable copper-exporting P-type ATPase A

ヘテロ分子

62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.526, 90.526, 191.218
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

詳細

The author states that a functinal unit is unknown about this protein and would like to change DIMERIC to UNKNOWN in REMARK 350.

#1: タンパク質	Probable copper-exporting P-type ATPase A 分子量: 30771.363 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 387-673 / 変異: H462Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: copA, pacS, AF_0473 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O29777, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 5% PEG 6000, 1.5M NaCl, 0.1M MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月15日
放射	モノクロメーター: rotated-inclined double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 55707 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 49.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 32.3
反射シェル	解像度: 1.95→2.01 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A1C

3a1c

解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 6.532 / SU ML: 0.097 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	2963	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20836	-	-	-
obs	0.21018	55707	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.686 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4031	0	63	317	4411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4123
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	2.015	5581
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.187	5	538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.024	25.854	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.875	15	775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.181	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.292	0.2	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.813	1.5	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.357	2	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.034	3	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.333	4.5	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	211	-
R_work	0.259	4028	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2851	0.566	-0.9393	0.5338	0.0527	1.4509	0.0539	0.1357	0.0671	-0.0084	-0.014	-0.0276	-0.0441	-0.1688	-0.0399	0.0391	0.0475	0.0653	-0.0593	0.0498	-0.0537	65.8206	22.9135	51.5687
2	0.5196	-0.381	0.1835	2.5463	-1.8936	1.4298	-0.1258	0.0702	0.0319	-0.018	0.0537	-0.0103	0.065	-0.0467	0.0721	0.0358	-0.0181	0.0107	-0.0812	0.0538	-0.051	74.3659	41.1823	26.0437
3	0.5818	-0.1655	0.4351	3.1478	-0.6601	0.811	0.0349	0.2082	-0.1054	0.0149	-0.0241	-0.1854	-0.0317	0.064	-0.0108	0.0984	-0.0065	0.068	-0.1566	-0.0072	-0.0073	80.6816	5.3863	33.9142
4	4.9805	1.1242	0.4149	5.205	0.5872	3.6048	-0.3619	0.4871	-0.2503	0.2984	0.0905	-1.5505	-0.0821	0.5844	0.2713	-0.2502	-0.0509	-0.0097	0.0014	0.1402	0.4455	100.9565	32.5269	36.5314

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	399 - 430
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	548 - 666
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	400 - 430
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	548 - 671
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	432 - 546
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	432 - 546

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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