[日本語] English
万見
- PDB-2iye: Structure of catalytic CPx-ATPase domain CopB-B -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iye
タイトルStructure of catalytic CPx-ATPase domain CopB-B
要素COPPER-TRANSPORTING ATPASE
キーワードHYDROLASE / P-TYPE ATPASE / CPX-ATPASE / COPB / HEAVY METAL TRANSLOCATION
機能・相同性
機能・相同性情報


H+/K+-exchanging ATPase / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Hypothetical cof family signature 2. / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase ...: / Hypothetical cof family signature 2. / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-transporting ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Luebben, M. / Gueldenhaupt, J. / Deigweiher, K. / Haebel, P. / Scheidig, A.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Sulfate Acts as Phosphate Analog on the Monomeric Catalytic Fragment of the Cpx-ATPase Copb from Sulfolobus Solfataricus
著者: Luebben, M. / Gueldenhaupt, J. / Zoltner, M. / Deigweiher, K. / Haebel, P. / Urbanke, C. / Scheidig, A.J.
履歴
登録2006年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: COPPER-TRANSPORTING ATPASE
C: COPPER-TRANSPORTING ATPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8454
ポリマ－57,6532
非ポリマー1922
水1,15364
1
A: COPPER-TRANSPORTING ATPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9222
ポリマ－28,8261
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: COPPER-TRANSPORTING ATPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9222
ポリマ－28,8261
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.530, 53.800, 73.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.968297, 0.004944, 0.249752), (0.004802, -0.999988, 0.001177), (0.249755, 5.9E-5, -0.968309)
ベクター: 3.495, -3.126, -27.776)

-
要素

#1: タンパク質 COPPER-TRANSPORTING ATPASE / HEAVY METAL-TRANSPORTING ATPASE / COPB-B


分子量: 28826.377 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 383-645 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: P2 / プラスミド: PET27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97UU7, EC: 3.6.1.36
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 20% PEG-6000 200 MM AMMONIUM SULFATE 10 MM DTT 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月25日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 17386 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 26.559 / SU ML: 0.268 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.241 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REGIONS 467-479, 497-500 AND 609-615 ARE DISORDERD AND WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1739 10 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.224 15646 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.49 Å20 Å20.28 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3804 0 10 64 3878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223850
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.84825178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9125494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.1926.849146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.94115768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.908158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2370.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2690.21609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other000
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2940.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other000
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4781.52555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93123958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64931481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8394.51220
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.358 128
Rwork0.29 1147
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9441-0.7917-0.28642.9257-0.73595.2586-0.1442-0.28990.1527-0.02340.178-0.259-0.0116-0.0552-0.0338-0.35010.006-0.06220.0059-0.08230.0726-12.2566.317-1.473
22.4979-0.4258-0.35414.88450.05586.8266-0.1572-0.0864-0.0718-0.29390.0121-0.17891.23180.60560.14520.02620.14240.0047-0.06960.0376-0.1219-41.08313.328-15.415
32.26120.6703-1.35853.2792-0.18343.7856-0.18770.3538-0.1224-0.0573-0.0937-0.15640.1337-0.22590.2815-0.2388-0.00360.006-0.0053-0.0204-0.0221-8.569-9.73-29.52
42.0843-0.3832-2.13374.31490.09116.0585-0.0669-0.260.042-0.06120.0871-0.2352-0.80530.508-0.0202-0.044-0.1198-0.0298-0.0572-0.0229-0.1064-40.087-17.035-23.206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A384 - 424
2X-RAY DIFFRACTION1A517 - 635
3X-RAY DIFFRACTION2A425 - 516
4X-RAY DIFFRACTION3C384 - 424
5X-RAY DIFFRACTION3C517 - 635
6X-RAY DIFFRACTION4C425 - 516

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る