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- PDB-3a1a: Crystal Structure of the DNMT3A ADD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a1a
タイトルCrystal Structure of the DNMT3A ADD domain
要素DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
キーワードTRANSFERASE / zinc-finger / Alternative promoter usage / DNA-binding / Metal-binding / Methyltransferase / Nucleus / Phosphoprotein / S-adenosyl-L-methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular response to hypoxia / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / protein-cysteine methyltransferase activity / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / S-adenosylmethionine metabolic process / SUMOylation of DNA methylation proteins ...positive regulation of cellular response to hypoxia / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / protein-cysteine methyltransferase activity / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / S-adenosylmethionine metabolic process / SUMOylation of DNA methylation proteins / XY body / cellular response to ethanol / response to vitamin A / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / lncRNA binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / response to ionizing radiation / hepatocyte apoptotic process / catalytic complex / chromosome, centromeric region / heterochromatin / DNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / PRC2 methylates histones and DNA / response to cocaine / Defective pyroptosis / cellular response to amino acid stimulus / response to lead ion / euchromatin / neuron differentiation / response to toxic substance / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / transcription corepressor activity / response to estradiol / cellular response to hypoxia / spermatogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / methylation / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Otani, J. / Arita, K. / Ariyoshi, M. / Shirakawa, M.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for recognition of H3K4 methylation status by the DNA methyltransferase 3A ATRX-DNMT3-DNMT3L domain
著者: Otani, J. / Nankumo, T. / Arita, K. / Inamoto, S. / Ariyoshi, M. / Shirakawa, M.
履歴
登録2009年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5705
ポリマ－16,3121
非ポリマー2584
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.581, 57.581, 138.949
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A / Dnmt3a / DNA methyltransferase HsaIIIA / DNA MTase HsaIIIA / M.HsaIIIA


分子量: 16311.703 Da / 分子数: 1 / 断片: ADD(ATRX-DNMT3-DNMT3L) domain, residues 476-614 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3A / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y6K1, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 17% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M magnesium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A21.28221, 1.28333, 1.25730, 1.29001
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年10月19日mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年10月19日mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.282211
31.283331
41.25731
51.290011
反射解像度: 2.3→28.796 Å / Num. all: 6567 / Num. obs: 6551 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→28.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 12.429 / SU ML: 0.17 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24968 306 4.7 %RANDOM
Rwork0.20938 ---
obs0.21113 6245 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.477 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.09 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1035 0 7 17 1059
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211065
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3161.9481432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2245132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67223.33354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.83115179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4971510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.2715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.237
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4631.5675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82521044
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4193451
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9994.5388
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 27 -
Rwork0.205 431 -
obs--99.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
145.67851.6719-21.247870.4567-18.8928.1323-0.25930.9762.2213-1.46890.82211.0591-1.15151.6617-0.56280.0588-0.1224-0.0403-0.02790.0467-0.09665.117-11.889-9.772
216.7445-1.271519.68614.2136-0.802139.3216-0.39070.68330.3986-1.2620.1364-0.9931-0.29462.10590.2542-0.0925-0.2326-0.0332-0.0340.09620.067510.382-11.519-3.566
337.73597.4609-2.104441.0738-0.168820.0360.2192-0.56040.42151.2903-1.0859-1.4237-1.3231.39160.86680.1691-0.0806-0.2384-0.15320.07060.077.424-6.5341.327
43.7674-5.1887-2.71878.3233-1.586726.11-0.38680.19450.6521-0.30820.1933-0.6197-2.25770.83290.19360.0729-0.1195-0.0918-0.15930.0260.0449-0.994-7.182-4.571
522.928919.3983-16.090526.3051-6.106516.9865-1.1824-1.23832.79170.2351-0.33241.1083-1.48290.89321.51480.12360.0215-0.2213-0.0474-0.07410.3159-6.616-7.1492.408
60.11160.0284-1.07920.0072-0.274910.4382-0.2143-0.15040.2973-0.22790.33450.1834-0.6344-0.4493-0.1202-0.05230.0391-0.0371-0.0781-0.0180.0231-5.512-10.6431.37
744.430533.367410.756334.04969.96749.8528-0.0402-0.02460.6894-0.0186-0.52730.06-0.441-0.97390.5675-0.04950.2031-0.069-0.1555-0.0076-0.1292-12.592-10.254-4.431
89.5553-7.4411-0.576346.1639-15.93896.68720.06920.1020.305-0.051-0.05960.1754-1.2471-0.9355-0.00960.0058-0.0445-0.005-0.1328-0.0365-0.054-17.285-16.559-2.261
918.13436.6494-1.723423.58814.9637.44480.02160.63430.063-1.3580.18580.21330.0725-0.3145-0.2074-0.21950.0912-0.0057-0.02560.0425-0.0938-17.632-28.338-5.397
1019.20072.75410.23220.59890.97424.34480.0522-0.0794-0.10140.15330.079-0.1964-0.0873-0.2206-0.1312-0.27140.0913-0.0046-0.0892-0.0503-0.1216-13.147-25.801-3.975
112.9683.31295.65646.99841.955216.53560.30210.06210.3215-0.1603-0.33440.1151-0.0960.39510.0323-0.37560.00930.0596-0.118-0.0155-0.111-6.214-23.65-6.879
1230.3516-13.7175-7.449422.252110.40164.9113-0.81-1.6769-1.4981.08250.26680.86191.0835-0.31840.5432-0.1605-0.04230.03470.05490.0906-0.071-11.799-30.4774.774
139.45517.7649-2.605211.52376.313214.59970.4981-0.4029-0.04530.3336-0.78480.1208-0.13720.25580.2867-0.29030.074-0.057-0.04620.0385-0.1573-5.793-24.711-2.092
1418.75-0.22315.30938.5882-4.91255.9347-0.43210.9218-0.011-0.45020.1049-0.1270.03870.82640.3271-0.25530.04370.0122-0.1451-0.0346-0.11213.054-21.272-4.32
1542.971720.241-20.647315.5909-9.175223.9369-0.93011.2095-2.8243-0.48120.7757-0.83881.82860.64520.1544-0.28570.1066-0.0886-0.0478-0.05720.01565.86-28.655-3.254
1624.5883-2.9001-6.24758.2969-2.75516.1942-0.0596-0.3038-1.5740.62970.1243-0.17681.5414-0.6073-0.0647-0.0393-0.1335-0.09970.0376-0.01650.0141-2.401-29.7333.435
1734.699410.8738-9.37344.5919-0.78276.45190.264-1.0494-0.22070.55010.21160.19920.1993-0.1814-0.4756-0.1723-0.003-0.11490.05540.0013-0.0811.081-22.9029.037
187.9024-9.963816.236414.7635-15.111346.4181-0.5932-0.96151.0881.63880.1844-0.6004-1.6432-1.11370.4088-0.24950.0438-0.06650.1147-0.17370.0271-1.349-16.0539.095
1942.5546-12.1821-3.78824.46035.794423.1366-1.029-0.86460.17350.83441.31960.5831-0.3596-0.9537-0.29060.08480.15880.03450.2903-0.1123-0.0725-10.54-14.42710.728
2028.8279-20.54236.506271.739231.2482102.86740.8280.49241.32730.8859-0.19880.78562.71320.3025-0.62920.21250.2237-0.0113-0.1128-0.020.1234-15.962-10.8146.484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A474 - 478
2X-RAY DIFFRACTION2A479 - 485
3X-RAY DIFFRACTION3A486 - 491
4X-RAY DIFFRACTION4A492 - 501
5X-RAY DIFFRACTION5A502 - 507
6X-RAY DIFFRACTION6A508 - 515
7X-RAY DIFFRACTION7A516 - 521
8X-RAY DIFFRACTION8A522 - 526
9X-RAY DIFFRACTION9A527 - 531
10X-RAY DIFFRACTION10A532 - 537
11X-RAY DIFFRACTION11A538 - 547
12X-RAY DIFFRACTION12A548 - 555
13X-RAY DIFFRACTION13A556 - 560
14X-RAY DIFFRACTION14A561 - 567
15X-RAY DIFFRACTION15A568 - 575
16X-RAY DIFFRACTION16A576 - 584
17X-RAY DIFFRACTION17A585 - 594
18X-RAY DIFFRACTION18A595 - 599
19X-RAY DIFFRACTION19A600 - 605
20X-RAY DIFFRACTION20A606 - 609

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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